正當農民因為豪雨、颱風造成災損時，農民常用的肥料台肥1號、台肥尿素、特4、5號複肥等價格也分別從7、8月，從每包340、460、340元，各調漲20元。對於肥料調漲，民進黨立委劉建國今（13）日表示，這跟馬政府短編肥料貼補預算有關。農委會官員認為其實無關，但承認，如果這次價格沒有調漲，所需補助的費用還要更多。
劉建國表示，農委會所屬的農業特別基金，其中有關「穩定肥料及相關資才供需計畫」100年度編列30億多元，本（101）年度不增反減，僅編列26億多元（其中穩定肥料匡列經費約22億元），但上年度（99）決算數高達29億多，而且根據農糧署的預估，至今年年底補貼經費需39億元以上，顯見，今年肥料補貼預算明顯嚴重不足，預估短絀高達17億多元。
對於預算不足，造成肥料價格上漲指控，出席記者會的農糧署農業資材組組長翁震炘表示，中間並無關聯性。他說，農業特別基金裡規定，補助肥料的費用本來就是22億元，今年在肥料價格調漲後，還有17億元缺口需要透過動用第二預備金方式來補助。不過，他也承認，如果這次價格沒有調漲，所需補助的費用還要更多。
