監察院今(4)日表示，農委會因15年來耗費龐大經費，仍未達成口蹄疫防疫與撲滅計畫的目標、預算名不副實、通報流程有誤等過失，將依法提案糾正。另外，農委會與環保署也因未針對生雞糞管制及適用法令進行宣導，導致地方政府輔導及執法時標準不一，同時遭到監察院糾正。
監察院指出，2012年1月金門再度出現豬隻感染口蹄疫的案例，突顯農委會防疫的效果不彰。監察院說，行政院自2001年即核定「豬瘟及口蹄疫撲滅計畫」，分成三階段推動，希望能達到全面停打口蹄疫疫苗，讓台灣成為「口蹄疫非疫國」的目標，但農委會未能確實依規定督促防檢局訂定「口蹄疫防疫與撲滅計畫」的完整規劃，及將後續執行細節提報行政院核定，讓10多年來耗費的龐大經費及心力前功盡棄。
監察院還說，防檢局假借編列「豬瘟及口蹄疫撲滅計畫」預算，卻將這筆經費運用在「口蹄疫防疫階段策略之強化工作計畫」，執行績效指標又是和原本「停打疫苗」完全相反的「期間注射率」，顯示農委會防檢局確實有疏失，依監察法第24條提案糾正。
此外監察院也提出，環保署與農委會未針對屬於農業事業廢棄物或一般廢棄物之生雞糞，其生產、運輸及使用者所應適用的相關管制法令，以及違法者之處罰規定等訂定統一見解，導致地方政府對農民進行輔導或取締時無所遵循，執法及作法不一，監院也一併提案糾正，要求相關單位進行改進與檢討。
