行政院秘書長林益世請辭獲准，政院採冷處理，只以新聞稿的方式在上午11點左右發出，並由政院發言人胡幼偉到記者室簡短向媒體說明。據胡幼偉表示，關於秘書長的接任人選，行政院長陳冲今(29)日表示，目前還沒想到，繼任人選讓他再思考一下；至於林益世請辭後，由於他的職務代理人是副秘書長陳士魁，所以理所當然由陳暫代。陳冲透過新聞稿表示，他是在上午接到林益世的書面辭呈，並已同意請辭。
陳冲表示，他是在昨天深夜與林益世懇談。林益世當時表示，這2天來媒體的報導，已經對行政院及行政團隊帶來困擾，內心極感不安；林益世強調他的清白、絕對沒有收賄，但他不願意造成行政團隊任何困擾。
另一方面，林益世也需要時間查證蒐集資料並配合司法程序調查，所以他昨天深夜向陳冲口頭請辭明志，今天早上補提書面辭呈，以便有充裕時間配合檢調單位調查。
陳冲表示，考量林益世目前確實需要更多時間配合特偵組調查，因此尊重其選擇，同意他的辭呈。希望林益世儘速蒐集人、事、物等資料，對外釐清疑點。
陳冲指出，目前本案已進入司法程序，對於行政團隊的穩定運作不會有影響。
