禽流感疫情持續蔓延，質疑政府隱匿疫情的批評聲浪四起。行政院農委會再三強調依國際標準來判定H5N2高低病原性禽流感病毒，但世界動物衛生組識(OIE)的官方網站內已詳細說明，從1992年起，只要符合實驗室數據「靜脈內接種病原性指數（IVPI）大於1.2」及「HA0切割位鹼性胺基酸達四個」兩項標準，即可認定為高病原性禽流感案例，OIE也認定臨床狀況並不可靠。
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目前台灣已確定H5N2高病原性禽流感案例有四例，包括彰化三處及台南一處雞場。針對農委會耗費約70天於通報及判定等相關處理程序上，外界質疑政府有隱匿疫情之嫌。防檢局長許天來及副局長黃國青曾表明，雖然實驗室數據皆符合，但彰化芳苑雞場並未出現大量死亡狀況，且產蛋量正常，因此依照民國92年所訂的程序初步判定為低病原性案例，後因台南雞場出現超過15%的死亡率，因此才綜合判定為高病原性禽流感，一切根據國際標準。
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不過，根據OIE的官網所提供的「動物診斷試驗及疫苗手冊」中，刊載了2009年5月核定通過的禽流感定義，內容提到原本高病原性禽流感的判斷標準內，也包括雞隻死亡率須超過75%，但自從1983年賓州發生因低死亡率而判定為低病原性的案例，卻在六個月後突變為死亡率超過9成的狀況後，即認定臨床狀況並不可靠，並於1992年修訂判定方法，改由IVPI值及胺基酸序列等數據來判別，手冊也標明歐盟於1992年採納此方法。顯然政府聲稱依照國際標準的說法和這項規定有所背離。
此外，台灣本身對是否高病原的判定標準也出現反覆情形。
例如2010年1月至4月中，政府曾經四次通報彰化芳苑鄉3處養雞場因死亡率低而判定為H5N2低病原性案例，但當時檢驗結果發現其IVPI值高達2.41，且HA0切割位基因序列有多個鹼性胺基酸。更早之前，2008年高雄路竹鄉蛋雞場也出現類似通報過程。然而，近日公布的彰化芳苑土雞場，家畜衛生試驗所則直接以OIE的標準判定，也就是二項實驗數據符合，就認定為高病原案例，並未參考死亡率等臨床狀況。
根據黃國青及家衛所所長黃金成所述，高病原認定標準已回歸許天來擔任局長前，農委會對高病原性的認定模式，因此政府也遭質疑早已隱匿疫情多時，且行為反覆，無法說明國家的標準為何。
2011年7月李惠仁導演所拍攝之「不能戳的秘密」揭露台灣早已出現高病原性禽流感案例，但政府知情不報。李惠仁也曾多次致電及拜訪當時的農委會主委陳武雄及防檢局長許天來。當年11月陳武雄曾在回覆李惠仁的簡訊中說到：「對於防疫我們是沒有投機的機會的，換上許局長就是要導正過去」、「你可能不相信，但許天來不是苟且之輩」等語句。
只不過，近日爆發許天來在專家會議中疑似隱匿疫情維護「大老闆」的言論，加上台北地檢署開始調查有無不法情事之下，陳武雄的說法看來格外諷刺。
農委會3月爆發隱匿禽流感疫情一案，導演李惠仁早在2011年即通報農委會，但未獲得正面回應，農委會前主委陳武雄也為防檢局長許天來背書。圖片來源：翻攝自李惠仁簡訊。
