農委會被質疑隱匿禽流感疫情，外界指出國內自民國99年開始已發現高病原性案例，但當時的主委陳武雄卻對外通報為低病原性案例，引起強烈批評。陳武雄今(6)日於農委會記者會中強調，自己任內一切決定皆依民國92年所制定的禽流感判定方法執行，沒有失職、沒有隱匿，所以也不需道歉。

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陳武雄在農委會副主委黃有財的陪同下，今天下午在農委會召開記者會，駁斥外界的諸多質疑。陳武雄表示，台灣制定禽流感判定方法已有近10年歷史，為何期間內並無專家學者提出疑問。他還說，我國的判定標準和美國、澳洲一致，皆將臨床病狀列入判定標準內，因此不認同外界批評的隱匿一說。

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由於「不能戳的秘密」紀錄片導演李惠仁對農委會處理禽流感的方式提出多項質疑，認為陳武雄「隱匿成性」，陳武雄強硬表示，紀錄片的內容皆經過剪輯，僅呈現片段而非全面的事實。陳武雄也當場提出，可邀請李惠仁與前防檢局局長許天來，針對相關爭議問題進行辯論。

針對國內判定標準與世界動物衛生組織(OIE)有所不同，陳武雄指出，他只知道92年由前農委會主委李金龍任內所發布的標準，其他皆尊重專家意見。但與會記者提出參與專家會議的中興大學獸醫學系名譽教授謝快樂曾指出，高低病原性案例是由行政命令所判定，專家並無共識。農委會前面聲明依據臨床狀態(死亡率、傳染率)來判定，後面又聲稱皆依專家判定，顯然都跟專家的說法有相當的矛盾。

為此，陳武雄強調，當時的疫情因屬低病原性，因此行政院長吳敦義並不知情，如後續有刑事責任，他願負全責。但他認為任內的所有決定皆依程序及專家判斷來執行，不需要向民眾道歉。

台大獸醫系名譽教授賴秀穗在接受新頭殼記者訪問時則痛批，陳武雄的言論完全是推卸責任的說法，他指出陳武雄的處理方式與外行人無異。