國民黨政府總統李登輝和台獨聯盟主席黃昭堂，雖然處於非常不一樣的政治地位，但一直被認為是彼此相知相惜的朋友。2000年後，李登輝言論愈趨自由，強調台灣主權，甚至有「台獨頭目」的封號，可是在黃昭堂的口述歷史裡，黃認為，李登輝從未主張過台獨。
黃昭堂提到他和李登輝相識的經過。早在1961年，李登輝在農復會任內，應東京大學之邀到東京演講，期間曾拜訪「台灣青年社」的領袖王育德，當時黃昭堂也在場。為了保護李登輝，他們是約半夜12點在王育德家，也是「台灣青年社」辦公室的地方見面。
李登輝此行主要是表達對王育德的兄長王育霖，在京都曾照顧過他的感念之情。王育霖是耿直的法官，在228事件中受害。黃昭堂回憶，當時的李登輝就十分健談。之後，黃等人一直守密以保護他，也關心他的發展。李登輝有日本友人到訪，也會詢問黃的近況。
1988年，李登輝繼任中華民國總統，黃昭堂雖然對李有好感，但認為終極目標上，獨盟與李登輝是對立的。當時獨盟批評李登輝主要有兩個目的，一方面是檢驗他的言論，另一方面也是希望藉由獨盟的評論或譴責，反而能幫助他在國民黨的權力鬥爭中，有較穩固的地位。
黃昭堂認為，他們兩人雖經歷相同的歷史背景，但境遇不同，也因此想法和反應不同，但因共同的關懷，即使數十年僅一面之緣，卻仍心意相通。
黃昭堂認為李登輝是真誠的人。有一次在總統官邸，李竟陪著一起上廁所。對於願意和他「一起尿尿的總統」，黃昭堂感覺到「真誠和溫暖」。
不過，黃昭堂也認為，過去李登輝說「反台獨」，是說真的，因為在「反台獨」的國民黨數十年，講反台獨已經講習慣了，李登輝並沒有騙國民黨。2000年過後，李登輝說「傾向台獨」，那也是真的。黃昭堂認為，李登輝是誠實的人，他講話很直，因此有時會過頭。他說，其實李登輝從未主張台獨，只是路線接近。「台獨頭目」的封號是中國政府和台灣民眾給的，李登輝本人不一定會接受。
