《全民健康保險法》修正案今天三讀通過，民間團體評價兩極，不過都對健保財務不樂觀，甚至認為可能很快就必須進行三代、四代健保改革。對於企業員工投保金額總額與總支付薪資成本間的差額，要乘以費率2%的作法，工商團體憂心恐增加雇主成本，認為應有配套方案因應。

消費者文教基金會常務董事謝天仁受訪時批評說，「健保改革開倒車，政府謊話連篇」。他說衛生署宣稱補充保費可以每年進帳新台幣200億元，可是健保支出每年3%的成長率，200億元不可能讓健保撐5年不漲，恐怕3年內費率就要喊漲。

民間監督健保聯盟發言人滕西華說：「一代不如一代，二代健保正式宣告已死」，根本沒有達到公平性，還讓民眾根本搞不清楚補充保費該繳多少，政府也難以如實如數收到補充保費，她大膽預測將來會產生所謂的「保費黑洞」。

滕西華指出，薪資健保費率從5.17%降到4.91%，估計健保收入會減少200億元，針對獎金等6項補充健保費，則增加200億元，如此增減之間對財務完全沒幫助，還不如直接廢了健保改革案。

台灣醫療改革基金會研發組研究員黃經祥說，與家戶總所得的二代健保原始構想相較，三讀的健保法修正案理想性不足，只比現行制度公平一點點，如果健保局在徹底解決醫療浪費的情形下還發現醫療支出成長，如此民眾才能夠比較接受調漲費率，恐怕未來還要往三代、甚至四代健保的方向努力。

對於抑制醫療浪費方面，民間團體還是有很高的期許。謝天仁和滕西華皆表示，法條只見訂藥價支出目標，可是藥價調查機制不見了，又容許高價醫材自付差額，等於抑制藥品浪費的配套只做了一半，所以藥價黑洞並沒有真正消失。

不過，黃經祥說，至少修法後的法條規定醫療院所的財務報表要公開，民眾可要求醫師釋出處方箋到外面藥局配藥，這些措施應該有助於打擊健保浪費。黃經祥強調，未來健保局對欠費未繳的民眾，必須先調查原因才能鎖卡，可保障經濟弱勢民眾健保不中斷。

工商團體雖然對二代健保也有意見，不過立場與民間團體則大有不同。全國工業總會表示，二代健保的新措施，主要考量領取高獎金的人士，未能反映繳交保費的真實情況，所以對領取獎金者開刀。

工總指出，衛生署這樣的修法卻沒有考量有相當多的受雇員工是低底薪，但採論件計酬方式賺取收入，論件計酬的獎金相當不穩定，拿到的獎金未必是高薪，二代健保的作法對這些人並不見得公平。另外，工總認為收取2%的費率將增加雇主的成本，如果採取這樣的作法，應該有配套措施，例如取消平均眷口數，減輕雇主的負擔。

全國商業總會理事長張平沼說，衛生署與工商團體協商二代健保時，一度提出乘以費率5%，不過，工商團體認為衝擊太大，最後調降為2%，工商團體只能勉強接受。張平沼表示，通過二代健保是全民的期待，工商團體對於必須負擔2%的費率雖有意見，但在顧全大局的情況下也只能勉為其難的接受。