行政院長吳敦義今（15）日於台中訪視99年度「中科就業博覽會」時接受媒體訪問時，針對中科三期「停工不停產」問題指出，台北高等行政法院所裁定之停止開發，國科會及環保署已依法提起抗告，中科管理局並已先依該裁定不再受理新廠商進駐，並暫停公共工程施工，以及採取必要之安全措施，國科會已配合執行行政法院之裁定。
吳揆進一步說明，因該裁定主文並未要求廠商停止營運，基於大法官會議釋字第589號所揭示之憲法信賴保護原則係法治國之基礎，另依強制執行法第4條，行政法院裁定之拘束力，並不及於訴外人等相關規定，政府如輕率擴大解釋該裁定，令訴外之善意第三人（廠商）停止營運，則將導致數千億投資停擺，４千以上員工失業，並招來數百家國內外廠商索賠訴訟，而且連根動搖國內外對台灣投資之信心，豈不違憲、違法並禍國殃民？
吳揆指出，中科三期相關的健康風險評估等環評，從95年民進黨執政時期引來行政訴訟，迄今已４年餘，但因政府施政是一貫的，行政院也自當負起責任。
吳揆說，環保署最近已收到中科管理局有關健康風險評估的完整資料，正依法定程序審查，若環評能順利通過，則台北高等行政法院有關環評不完整、停止開發行為的裁定自然解除。
另外，對於當地居民擔心工業排水的問題，也決定採取排放到外海的方式解除疑慮，而有村落反映，數十年來尚無自來水飲用的問題，也已決定由中科管理局與自來水公司協助解決。
