針對廉政署設立在法務部下，遭外界批評層級太低的說法，總統馬英九今（28）日在國民黨中常會中指出，前總統陳水扁及夫人的國務機要費案，就是由地檢署起訴，所以廉政署設在法務部，沒有層級太低的問題，就算是三級機關也能偵辦重大案件。
法務部次長陳守煌在國民黨中常會中報告表示，成立法務部廉政署的目的，主要是要展現打擊貪腐決心、回應全民殷切期盼、以及專責專業落實改造。他說，廉政署人員採精兵主義，將任用品格以及操守優良具有法律專業的人員。
對於外界認為廉政署設置在法務部是否層級太低？總統馬英九回應，香港和新加坡是採用英美法，犯罪的調查以警察偵辦為主體，檢察官只能對案件起訴；而台灣是採用大陸法，以檢察官為偵查主體，警察和調查人員只扮演協助角色，如果仿照香港、新加坡作法，將廉政署設置在行政院長或總統之下，反而破壞台灣以檢察官為偵查犯罪主體的制度。
馬英九同時指出，前總統陳水扁及夫人的國務機要費案，也是由地檢署起訴，三級機關，一樣能起訴重大案件，廉政署設置在法務部，沒有層級高低的問題。
對於外界「疊床架屋」的說法，馬英九以毒品、緝私等案件為例指出，這些案件可能同時被調查局、地檢署、警察等機關重覆偵查，只要由檢察官統一指揮，就可以達到專責人員水平分工，各自發揮所長的目的。
馬英九最後強調，廉政署的成立目的是要「防貪」，來達到降低政府官員的犯罪率，以及提高定罪率的目標。
