最近傳出部分學校為了接待大陸人士，而將國旗、國父遺像或元首玉照撤下的事件，教育部長吳清基今天以罕見的強硬語氣指出，一旦再有任何學校發生類似情況，教育部將視情節輕重，對該校處以一至三年不得再申請專業交流的處分，並列入校長考績中。
吳清基表示，兩岸教育、學術、體育交流應該給予鼓勵，但也要考慮國家尊嚴，接待要對等，不得有自我矮化、有損國格情形出現。
各校沒有任何理由可以將國旗撤下，即使是大陸人士堅持，也不能退讓。如果有任何學校違反規定，將視情節輕重，處以1到3年不得再辦理專業交流申請；如果是私立學校，將會列為行政缺失、扣課或扣補助款，公立學校則會去函糾正，列為校長考績。
另外，有民進黨籍立委重提總統馬英九擔任台北市長期間，舉辦亞洲女子足球賽禁止民眾攜帶國旗入場。吳清基為馬英九抱不平，他澄清，比賽主辦單位是中華足球協會，比照奧運模式辦理，馬英九當時沒有用市長身分進行干預，被足協認為不當，之後北市租借場地也都特別要求旗、歌問題。
