三井財閥在辛亥革命時借出鉅款給孫文。三井不是一個單純的商社，而與明治維新的主要勢力－長州藩有極大的淵源。

    井上馨是長州藩閥的重要人物。明治維新雖由薩摩（鹿兒島）、長州（現今之山口縣）、土佐（高知縣）、肥前（長崎、佐賀縣）等四藩合力推翻德川幕府而成立以天皇為中心的新政府，然而「版籍奉還」之後，土、肥勢力嚴重衰退，大權歸薩、長人士把持，形成派閥政治。陸奧宗光即說：「世有薩、長或薩、長、土，或薩、長、肥、土之稱。然薩、長功勞最為卓著，因而其權力亦最大。」

    一八七三年，征韓論爭結束後，大久保利通（薩摩）和木戶孝允（長州）處於政府最高領導地位，而伊藤博文以工部卿的身分也逐漸嶄露頭角。一八七八年五月十五日，大久保利通遭刺客暗殺，翌日伊藤即被任命接替大久保遺缺，擔任內務卿，成為薩長藩閥的核心人物。

　　井上馨則是在一八七一年被任命為大藏大輔兼造幣局知事，輔佐大藏卿大久保利通。隨後大久保以遣歐美使團副使的身分出國考察，井上即成為代理大藏卿，實權在握。在此前後，伊藤博文也於一八六九年，被任命為大藏少輔。井上與伊藤，早在一八六○年代初期，即曾奉長州藩主密令，一同前往英國留學，明治維新後，關係更加密切，甚至有人稱他們為「梁山泊集團」。一八七二年，代理大藏卿井上馨涉嫌將秋田縣尾去澤銅礦廉價出售給長州商人岡田平藏，遭司法卿江藤新平追究，井上乃大幅度削減司法省預算以為報復，雙方僵持不下。翌年井上辭去官職，長期在民間經商。一八七八年五月，伊藤博文取代大久保利通之後，隨即不顧眾人反對，甚至是明治天皇對太政大臣三條實美的斥責，於當年七月請井上馨重返仕途，出任工部卿。一八七九年九月，井上在伊藤的援引下，出任參議兼外務卿，成為內閣樞要。

    一八八五年，日本實施內閣制，由伊藤博文組成第一屆內閣，井上馨擔任外務大臣。一八九二年，伊藤博文第二次組閣，井上擔當內務大臣。一八九七年，伊藤博文第三次組閣，井上為大藏大臣。三次伊藤內閣，井上均扮演極其重要的角色。

　　由於三井在一八六八年「王政復古」後，即大力捐輸，支持新政府財政，也必然會與大藏省大輔井上馨和少輔伊藤博文建立相當密切的關係。「傳說在岩倉使節團出發時所舉行的歡送會上，西鄉（隆盛）曾舉杯向平素盛傳與三井過從盛密的井上馨祝酒說：『祝三井的掌櫃一杯。』」一八七四年，井上馨挽救三井財閥免於破產的危機後，三井更是長期效命井上馨，而井上馨也全力扶持三井財閥。

　　大久保利通當權時，肥前藩出身之大藏卿大隈重信，與工部卿伊藤博文同樣被倚重。伊藤與井上協助三井；大隈則扶持岩崎彌太郎的三菱會社，利用征台之役、西南戰爭等戰事，獲得汽船的無償放領，鉅額的海運業補助金，擊潰三井所經營的「東京風帆船會社」，獨佔日本海運業，奠定三菱成為財閥的基礎。

    三井財閥與三菱財閥的對峙，背後有伊藤博文等人所領導之薩長藩閥與大隈重信的自由民權派的勢力角逐。

    一八八一年，大隈重信在伊藤博文和井上馨等人策劃下，遭罷免下野後，三菱財閥也開始遭遇打擊。藩閥政府首先刪減對三菱會社的補助金，然後對該會社進行種種干涉。一八八二年二月二十八日，藩閥政府以驛遞總官野村靖的名義，對三菱下達「第三命令書」，禁止該會社將補助金挪用到與海上運輸無關的事業，並嚴格限定該會社之船舶買賣、建造、修繕、以及航路設定等等。其次，藩閥政府決心成立超越三菱會社的大型海運會社，乃於一八八二年十月，集合以往與三井財閥共同經營「東京風帆會社」的公司合組「共同運輸會社」。翌年政府出資二百六十萬日圓，將「東京風帆船會社」、「北海道運輸會社」、「越中風帆船會社」合併成為一個大型海運公司，與三菱財閥競爭。

　　一八八二年，大隈重信組織「立憲改進黨」，並就任總理。一八九六年三月，該黨與中國進步黨及立憲革新黨合併，改組為「進步黨」，由大隈擔任閣揆。一八九八年，「進步黨」再與「自由黨」相結合，成為「憲政黨」。大隈以政黨的力量，乃能與伊藤博文分庭抗禮，並於一八九八年組閣，擔任首相兼外相。在背後，三菱財閥也出錢出力。一八八八年，大隈能重返政壇，擔任外相，就是岩崎彌太郎之弟岩崎彌之助大力活動下的結果。

　　一九○○年，伊藤組織政友會。由於井上馨與伊藤博文的關係，三井財閥對長州藩閥的政治獻金一向頗為大方，如今也就樂於向政友會捐輸。除了保障本身利益外，也在與三菱競爭中，建立強而有力的後盾。

　　由於三井與政友會的關係甚為密切，三井出身的山本條太郎與森恪，後來都在政友會中發展，成為副總裁和內閣官房長官等核心決策人物。

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