16日晚間是台南市區平面鐵路最後一夜，賴清德總統在站前「通車入厝」典禮再次向鐵道沿線拆遷戶致歉，感謝他們的成全。賴清德也強調，綠園道的規劃證明他在台南市長任內和沿線居民溝通時，兌現承諾，絕不會變成開發賺錢的土地。隔天早上第一班列車就要經過地下化工程，迎向台南交通運輸新篇章及新紀元。
賴清德在站前「通車入厝」典禮致詞時表示，經過許多人努力及克服挑戰，台南市鐵路地下化終於完工，送走16日晚間10點29分最後一班列車後，台南市過去地面鐵軌、平交道及陸橋都要走入歷史，隔天早上第一班列車就要經過地下化工程。賴清德同時向沿線拆遷戶致歉，感謝他們的成全。
賴清德坦言，在整個台南鐵路地下化工程建設中，交通部和台南市政府重新調整工程規劃，儘量減少衝擊，但還是沒有百分之百保全每一個住戶心愛的房子。他並提到，從今以後，台南市擁有全國第一個地面是古蹟的火車站，地下則是新的國際級車站，新舊融合。
賴清德指出，地下化全線8.23公里路段沒有平交道和高架橋，平交道意外再也不會出現，居民更安全，都市縫合，取得發展和新生機會。台南市以往一分為二，發展受到阻礙，如今台南將多一條寬度約30公尺綠園道，這是台南的縱向公園，也證明他在台南市長任內和沿線居民溝通時，兌現承諾，絕不會變成開發賺錢的土地。
賴清德續指，台南鐵路地下化第一階段通車後，後面還有2個車站要通車，未來鐵路地下化將再延伸到永康、新市，善化也會高架化；此外，台南捷運藍線今年應該會動工，一條一條捷運完成。台南鐵路地下化將是從南到北最重要縱貫鐵路，旁邊還會串出不同輕軌路線；他在中央一定全力支持，讓台南市進步繁榮發展，市民安居樂業，文化推廣到全國及世界。