1960年初，對於外蒙古入聯案，美國反對中華民國使用否決權，蔣經國在日記記載認為，美國對此一再施壓，但台灣絕不可讓步，否則共匪則亦將於明年入聯合國，「如此，則不如做光榮的失敗之準備……」。對於駐美大使葉公超認為應該妥協，蔣經國則用有「出賣國家利益之嫌」加以形容。
國史館陸續數位化並開放《蔣中正日記》、《蔣經國日記》，目前累計已開放66個年度。2026年9月30日開放之第十一批兩蔣日記，計有6個年度，6卷3,048件、5,055個數位檔，開放範圍分別為：
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《蔣中正日記》1955-1957年原本3卷1,530件；
《蔣經國日記》1961-1963年原本3卷1,518件。
《蔣經國日記》1961-1963年之重要課題，包括：
（一）1961年聯合國「中國代表權」與外蒙入會問題
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1950年起，蘇聯、印度等國屢次於聯合國大會提出「中國代表權」問題，認為應由中華人民共和國取代中華民國在聯合國的席次。1961年蒙古人民共和國（以下簡稱外蒙）與新獨立的非洲茅利塔尼亞申請加入聯合國，惟中華民國蔣政權視外蒙為蘇聯的附庸國，擬於安理會動用否決權阻止外蒙入會，但蘇聯聲稱若不讓外蒙入會，就阻止茅利塔尼亞加入聯合國。美國擔心若中華民國行使否決權阻撓外蒙，會惹惱非洲國家，導致非洲國家在「中國代表權」案中倒向中共，為爭取多數會員國的支持，美國甘迺迪政府曾多次與蔣政權交涉。
蔣經國於1961年9月5日的日記寫道：「美國為外蒙入聯合國問題，對我再加壓力，實在難以忍受。……我國在外蒙入聯合國的問題上，決不可作任何讓步，否則共匪則亦將於明年入聯合國。目前的國際局勢如不改變，而美國之外交政策仍然如舊，則我國在聯合國的地位遲早將被排除，如此，則不如做光榮的失敗之準備……」。
9月13日的日記道：「父親覆甘迺迪信表示堅定不變之立場，唯有如此，我中華民國方能立足於世，至於是否能保持聯合國會籍，則在其次」。
9月16日的日記曰：「究竟是能保持聯合國地位較為有利也」。日記中對美國的態度及我國在聯合國席位問題頗為憂心，時時關注其變化。
10月7日在日記寫道：「向父親報告聯合國問題，美方對我加以壓力，而我駐美高級人員對此重大問題之意見又不一致，葉公超甚至有出賣國家利益之嫌，此一問題之發展益趨複雜，父親重道義，為了顧及甘迺迪之領導威望，如美能正式聲明為阻匪入聯合國，而會不惜用否決權，如此我則可考慮是否否決外蒙問題。」
10月13日記曰：「昨克萊因來訪，謂甘迺迪有誠意與蔣總統共商外蒙入聯合國問題之解決，在外交系統未能作適當之處置，所以要克出面來與我方商談，以謀解決之道」。
10月14日記曰：「奉父命與克萊因談商處理外蒙投票問題」。
10月15日：「與克萊因作數次之商討，美方除同意由甘迺迪公開聲明堅決反對共匪入聯合國，並認我政府為代表中國之唯一合法政府，再由甘向我總統私下保證美國於必要時將使用否決權以反對共匪入聯合國，在如此條件下，勸我對外蒙入會不使用否決權。父親為顧及大局以及反共之最後目標，在如此情況下，允作考慮，實為國家的永久利益著想也。」
10月20日記曰：「甘迺迪接受父親之要求，發表特別聲明如下：『美國向認中華民國為代表中國之唯一合法政府，始終全力支持中國政府在聯合國的地位與所有權利，因此美國堅決反對中共參加聯合國……』。此一聲明之發表，對我改變在外蒙申請入聯合國時使用否決權較為有利。」
10月27日記道：「我代表團在聯合國安理會當表決外蒙入會時，退席未投票，並作嚴正的反對偽蒙之聲明，在目前的國際以及國內之情勢中，亦唯有如此方能度過難關。」是以，1961年聯合國「中國代表權」與外蒙入會案，中華民國政府從原本強硬的倡言不惜退出聯合國，歷經與美國多次協商，最終化解危機，保持在聯合國的席位，直到1971年為止。
（二）日記中的憲政預言
1949年底中華民國政府遷台，導致政府結構出現重大變動。對此，蔣經國早就看出國內政治體制上的弊端。1961年4月5日在日記寫道：「在一個小地區之內，既有行政院又有省政府，政令重複，行政效率相互抵銷，彼此衝突」、「中央民意代表無法改選，事實上已成為終身職，形成了特權惡勢，生活腐化。把持立、監兩院，使政府無法推行新政……」。可見他早已看出行政上疊床架屋，以及「萬年國會」的問題，卻未思改革，經歷30年的漫漫長路，才在1990年代的民主化浪潮中透過修憲逐步落實。