花蓮縣馬太鞍溪堰塞湖溢流災情，造成19死、5人失聯，光復鄉長林清水因偽造撤離人數遭羈押禁見，花蓮縣議會國民黨團28日赴北檢告發內政部長劉世芳、經濟部長龔明鑫、農業部長陳駿季廢弛職務釀成災害、過失致死等罪。對此，經濟部水利署回應，相關應變作為均依法、依據專業處置，告發舉動嚴重打擊救災人員士氣，「政治操作完全不合理且不可接受」。
水利署28日表示，馬太鞍溪過去疏濬從未延宕，針對堰塞湖的緊急因應合理快速，堰塞湖溢流迄今，水利署動員全國各所屬單位全力投入疏濬工作，截至1月28日已疏濬超過1,100萬立方公尺，並全力動員人力機具，於災害發生後最短時間內完成臨時堤防。
水利署指出，依河川管理辦法第45條第1項規定，中央管河川的疏濬，得由當地直轄市或縣（市）政府擬訂計畫書，報經該河川的管理機關核定後許可辦理，故自2016年至2025年8月，水利署依治理計畫分析，進行疏濬作業，並與花蓮縣政府多次協調辦理，於馬太鞍溪完成235萬立方公尺疏濬，疏濬過程依治理計劃通洪斷面已達標準時，為維護橋梁及堤防本身的安全，當年度疏濬工作就會停止。
針對馬太鞍溪堰塞湖處理情形，水利署說明，中央處置程序合理且迅速，已成立中央指揮中心，由農業部主政，經濟部水利署及相關單位全力配合，並依2025年8月28日林業及自然保育署花蓮分署召開的會議，決議九河分署分工疏濬目標量為20萬噸，實際於9月21日累計疏濬達21.66萬噸超前目標。另配合農業部專家諮詢會議及專案小組建議，已完成堤防不定期檢查及透地雷達檢測，檢測結果正常。
對於外界質疑「光復三號堤防開口堤未修復導致災害」的說法，水利署澄清，光復三號堤防於2024年間因康芮颱風損壞，水利署第九河川分署已於2025年8月12日全面修復完成，又該處開口堤並非破損缺口，而是符合治理計畫的防洪構造，其高程設計均符合百年一遇洪水位的保護標準。
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此外，水利署表示，經第三方公正單位鑑定，本次堰塞湖溢流瞬間洪峰流量高達8860CMS，遠超過馬太鞍溪百年保護標準的2040CMS，屬極端高流量、高流速且含大量砂石的洪流，多處堤防同時溢流，此等超過保護標準4倍以上的極端洪流，伴隨大量土石多點溢流，才是造成災害的主因，絕非因堤防損壞或開口堤未封堵所致。
另，水利署提及，相關單位已陸續完成光復堤段加高、開口堤封堵、覆土培厚、北富堤段基礎加固及河道疏濬等工程防災措施，並同步強化監測及應變整備，包括兩岸預佈混凝土鼎塊、增設紅外線監視設備、建置監測系統與簡訊緊急通報機制，預佈移動式抽水機及搶險機具。
水利署強調，針對上游土砂仍不穩定，未來將持續協助花蓮縣政府進行馬太鞍溪的疏濬及堤防復建工程，確保居民安全。
