新竹市副市長邱臣遠在2023年Me too運動中，曾遭前助理指控在立委期間涉性騷擾，之後兩人達成和解，指同意指控內容「實屬誤會」。有媒體報導，邱在代理市長期間，要求每場行程都要有人力，其中有名女公務員還被邱要求「就連我上廁所都要跟」，讓女員工不舒服，開始對邱的言行蒐證，市長高虹安復職後得知，第一時間將該員工調離職務，並提供申訴管道。邱臣遠今（21日）回應，該報導引述相關說法皆為子虛烏有，已對他及市府名譽造成極大傷害，他要求市府主動啟動相關調查程序。

據《風傳媒》報導，邱臣遠在代理新竹市長職務後，除曾遭綠營批代理市長2年期間8次出國」外，有不少公務員抱怨，邱臣遠每次行程都需大陣仗陪同，讓不少公務員得花時間陪代理市長跑行程；其中，一位C姓女公務員還曾遭邱臣遠表示，「就連我上廁所都要跟」，讓該位女公務員感到不舒服，從此之後對於邱臣遠的各項言行，開始默默蒐證。而高虹安回鍋市長後，聽聞有疑似性騷的狀況，第一時間就將該公務員調離現職，並提供完整的申訴管道與請市府各層協助。

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對此，邱臣遠回應，對於報導引述的相關說法皆為子虛烏有，已對本人及市府的名譽造成極大傷害。

邱臣遠強調，為求儘速還原事實真相，他要求市府主動啟動相關調查程序；同時為捍衛個人名譽，對於不實指控的相關人士，將保留法律追訴權。