代理孕母制度涉及複雜的法律認定與利益衝突。律師林智群針對代孕草案提出質疑，列舉生母定義、基因異常處理、終止懷孕權、代孕者爭取小孩及法律關係等五大爭議，痛批關乎人身權與親權的重大議題尚未有共識，卻想草率立法。衛生福利部政務次長林靜儀則從臨床觀點補充，代孕者面臨醫療自主權與生活管控受限的困境。雙方均提醒，代孕議題不應被簡化處理。
針對有網友說為了防止少子化，應該推代孕法案。林智群對此提議反問「我說你女兒哪天缺錢幫人家代孕，你也會支持吧？」。林智群藉此突顯，代孕是「這麼有爭議的議題」，背後隱藏著多重法律與倫理的矛盾，並非單純推動法案即可解決。
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林智群進一步強調，代孕涉及的問題極其複雜，他在發文中羅列了數個關鍵爭點，包括「生母是誰？懷孕到一半，發現基因可能異常，委託人跟孕母意見不一樣，該怎麼辦？懷孕到一半，委託人要求停止懷孕，可不可以？小孩出生後，代孕者突然想要爭取小孩，怎麼處理？小孩跟孕母的法律關係為何？」。林智群指出，這些關乎人身權與親權的重大議題，至今尚未有明確共識。
林智群表示，面對如此嚴峻的挑戰，民眾黨竟想用9個法條就處理大感不可思議，他批評民眾黨那些根本就是政治二軍，「兩年來除了搞笑外，有幹什麼好事嗎？」。林智群進一步強調，這麼嚴肅的議題，連研究都沒有，專家學者都沒找，「就小孩玩大車想通過？」。林智群指出，在缺乏社會共識與專業審查的情況下強推法案，是對法治與人權極度不負責的表現。
關於代孕者的處境，林靜儀稍早也在臉書上表示，代理孕母通過後將面臨複雜利益衝突，應從臨床端思考。委託夫妻可能以對孩子好為由，控管代孕者飲食、作息與社交生活。當面臨疫苗注射、牙科治療或遺傳基因檢查時，醫療同意權歸屬誰仍是難題。若胎兒有特定風險或面臨剖腹產決策，雙方意見分歧時由誰決定。林靜儀進一步強調「不要裝代孕者可以充分完全自己抉擇」，當孩子是「別人委託」時，女性自主權極易受到干涉。
