前總統李登輝於1999年接受德國之聲專訪時提出「兩國論」，主張中華民國與中華人民共和國彼此互不隸屬。較少為人所知的是，李登輝也曾以署名方式投書國際期刊，進一步闡述「兩國論」的核心內涵，主張透過修憲，明確拒絕「一個中國」的內部關係定位，顯示這並非即興發言，而是一套具整體性與延續性的政策思考。
台灣教授協會會長薛化元7日在「解讀2758號決議案與雷震〈救亡圖存獻議〉座談會」上表示，前美國副國務卿鮑爾斯（Chester Bowles）曾在1960年出版的《Foreign Affairs》發表文章主張，北京中共政權已經掌握中國大陸，住在台灣的800萬台灣人跟200萬大陸人，有權利要求獨立存在，並主張以「獨立的中台關係」，解決台灣海峽兩岸的地位問題。
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薛化元提到，大家都知道李登輝在接受德國之聲時提出「兩國論」，卻很少人知道李登輝也曾在同一本國際期刊撰文表示，推動「兩國論」並非一時的考量，而是有整體性的政策思考，透過修憲將「兩國論」在憲法位階定調的可能即為一例。
薛化元指出，李登輝接受德國之聲訪問前夕，用鉛筆加上「台灣不是叛逃的一省，至少兩岸是特殊的國與國關係」，當時國安會諮委張榮豐曾主張把這段論述「劃掉」，但李登輝仍決定將「特殊國與國關係」加入受訪文稿；雖然修憲因外在環境變動下最後沒有進行，但李登輝仍在國際期刊發表主張。
李登輝也曾於1999年11月曾在《Foreign Affairs》署名Lee Teng-hui（President of the Republic of China）發表〈了解台灣：跨越認知差距〉（Understanding Taiwan - Bridging the Perception Gap），說明「兩國論」的內涵，向國際社會闡述台灣已是主權獨立的國家，不應被視為中共的一部分。
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李登輝當時提出「特殊國與國」主張的歷史的事實是，1949年中共成立後，從未統治過中華民國所轄的台澎金馬，1991年修憲以來，已將兩案關係定位在國家與國家，至少是特殊的國與國關係，而非一合法政府、一叛亂團體，或一中央政府、一地方政府的「一個中國」的內部關係。
解讀2758號決議案與雷震〈救亡圖存獻議〉座談會 圖：台教會提供
政大台史所教授兼台教會會長薛化元。 圖：台教會提供
