《鏡週刊》報導，國安會祕書長吳釗燮與外交部長林佳龍在去年520新團隊上任後，就因外交人事埋下嫌隙，甚至有友盟的外交人員說，「到底誰說的算」。對此，國安會今（12）日表示，該報導內容多為杜撰不實，亦無妥為查證，事實上國安會及外交部溝通合作緊密，類似報導對所有正為國家相關工作努力的團隊極不公平，更損傷國家利益，令人遺憾。

《鏡週刊》報導指出，林佳龍上任外交部長後任用的人事，與吳釗燮卸任後推薦的有所不符，因此種下嫌隙；此外，國安會會議會把林擋在門外，而外交部送去給國安會的電報也開始刻意篩選；報導也指，林出訪巴拉圭時，導致總統賴清德出訪行程曝光，因此行程喊卡，高層把這筆帳記在林頭上；另外，林與其成立的大肚山產業創新基金會成員保持密切互動，引來外界側目。

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國安會指出，我國的安全戰略目標很清楚，就是要和國際民主友盟共同維護國際局勢的安全穩定與繁榮發展。面對國際情勢變動的關鍵時刻，國安會與外交部始終秉持緊密合作的精神，高效分工、協同作業，近期也共同完成多項重要的外交任務，確保國家安全及對外關係穩固。雙方在溝通協調、任務執行等方面均保持緊密合作默契。

國安會強調，國安團隊與外交部將持續為台灣的外交工作團結打拚，戮力維護國家利益，盼外界持續支持我國外交工作，勿再以捕風捉影、似是而非的訊息過度臆測。未來，國安外交團隊將持續為台灣外交工作打拚，請國人放心。