台中爆發非洲豬瘟疫情，防檢署提出諸多疑點要求台中市政府改善，針對關鍵的豬隻何時出現大量死亡狀況，從系統查看發現該案例場自9月開始就有死豬，要求市府回溯追查清楚；遭到輿論撻伐的台中市政府深夜11點緊急澄清指稱，有關養豬場死豬是否異常，均會由中央建置的警示系統通報地方政府，案例場整個9月份及10月初並未收到中央系統警示通報。

台中市政府28日提及，最早接獲病死豬異常通報日是10月11日，但從系統查看該案例場自9月開始就有死豬，包括9/4一頭、9/9一頭、9/22兩頭，10/3一頭，10/4三頭，10/5一頭，中央要求市府回溯追查清楚。台中市農業局辯稱，有關養豬場死豬是否異常，均會由中央建置的警示系統通報地方政府，案例場整個9月份及10月初，市府並未收到中央系統警示通報。

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而在非洲豬瘟疫情爆發後，案例場仍有不相干人等進出，市府何時拉封鎖線受到關注，遭質疑沒有加強管制；對此，台中市農業局強調，該案例場死豬檢體於10/21 檢測PCR初檢陽性後，動保處當天就立即關閉案例場，並進行移動管制，人車都不能夠再進出，避免散播疫情風險。

此外，中央指出，台中市政府針對案例場勾稽比對化製系統，顯示10月10日至10月20日死豬頭數78頭，與三聯單不一致，仍須釐清；台中市農業局則表示，對於豬農口述116隻死豬與市府勾稽比對化製系統78頭不符合等情形，檢調已介入偵辦，市府後續將全力配合追查釐清。

另外，中央要求台中市政府必須在28日下午3點送出完整疫調告，但農業部稱已於下午3點59分收到台中市政府提供的完整疫調報告，將盡速召開專家會議審查，外界懷疑台中市政府又遲交。台中市農業局聲稱，疫調報告據公文系統時間顯示已於下午3點6分送出