因應中央發布「禁宰、禁運」措施後，台南市政府全面啟動防疫應變作為。副市長葉澤山今(27)日率領市府團隊召開記者會，向市民說明目前防疫作為與執行情形，並強調相關措施持續緊密進行，請市民無須恐慌。市府團隊在連續假期期間全力待命、無縫運作，由警察、環保、教育、農業等多單位同步展開查核、疫調與防堵工作，並已在昨日行政院會議中向中央完整報告南市執行情形。
農業局說明指出，第一輪共完成526場疫調，第二輪疫調已完成111場並持續進行中。自疫情爆發當日起即全面禁止廚餘餵豬，並派員進行現場訪視，全市12處列管廚餘養豬場(現營運中11處)均已確實改用飼料餵食。在化製廠端，所有異常死亡豬隻均送交化製廠進行監測，抽檢結果皆為陰性，顯示目前狀況穩定。農業局再次強調「同系統豬場異地移動」仍屬禁止事項，違者將依法處最高35萬元罰鍰。另針對歸仁台糖沙崙場出現超過50頭豬隻異常死亡案例，已會同中央單位完成採樣檢測，結果全數為陰性，後續仍將持續密切觀察豬群健康狀況。
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環保局表示，市府針對現營運中11家列管廚餘養豬場進行嚴格控管，要求業者每日上傳豬舍與廚餘槽空槽照片，確保未再使用廚餘餵豬。廚餘清運車輛則持續依既有路線執行，將廚餘運往指定暫置地點後再進行破碎、脫水及堆肥等後續處理。截至目前，三日累計處理量達395公噸，整體去化量能正常，未出現塞車或延宕情形。也呼籲市民應從源頭落實，「珍惜食材、減少浪費」，共同降低廚餘產生量。
教育局表示，全市共有100間學校由中央廚房供應營養午餐，另有16間學校及10家團膳業者納入統一清運，每日約產生8公噸廚餘，均經瀝乾水分後由環保局清潔隊或合格廠商運送至指定地點處理。為從根本減少廚餘量，教育局持續推動惜食教育，鼓勵學生「夾多少、吃多少」，並透過菜單設計與食材管控提高餐食精準度。此外，全市校園午餐所使用的豬肉食材皆為CAS認證產品，請家長放心，校園食安無虞。
經發局指出，目前台南市公有零售市場共有294攤販售豬肉。自10月23日宣布禁止販售溫體及新鮮豬肉後，約有四分之三攤位暫停營業，尚有約71攤以庫存冷凍豬肉供應，預計將於10月28日前後銷售完畢後陸續休市。此外，市場中約有超過800個攤位販售肉乾、香腸、火腿等相關產品，因缺乏新鮮豬肉來源，營運亦受波及。市府已著手研議是否可於休市期間減免公有市場攤商使用費方案，全力協助攤商度過難關，盼在防疫與攤商權益間取得平衡，降低衝擊。
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衛生局說明，截至10月26日，已針對東南亞商店共查核59家，均無來自疫區之不法肉品；屠宰與運輸車輛GPS及衛生規範查核84車次，全部符合規定；販售端針對肉品來源與原產品標示累積查核1173家次，亦無查獲違規情形。
衛生局再次提醒食品業者必須落實自主管理，若販售病死豬，將依《食品安全衛生管理法》第15條處新台幣6萬元以上2億元以下罰鍰，若無合法來源證明，亦將依規處新台幣3萬元以上300萬元以下罰鍰。同時呼籲民眾無需恐慌，非洲豬瘟病毒不會感染人類，經檢驗合格的市售豬肉皆可安心食用。購買時應選擇具合格標章及合法來源產品，並務必煮熟後食用。呼籲市民持續支持國產豬，與產業共同渡過防疫階段。
