由於過去花蓮縣政府的募款帳目交代不清，讓很多人對花蓮縣政府不信任。這次，馬太鞍堰塞湖潰堤，造成嚴重災情，經各地募捐，2天內已募得 2億元。很多人擔心善款不會被妥善利用；對此，主責這次衛福部募款的賑災基金會表示，不再把善款轉給花蓮縣政府，確認身分後會直接轉交到災民手上。
在去年 0403 花蓮大地震前，天災的善款勸募由主管機關衛生福利部主責，以 2018 年的花蓮 0206 大地震為例，衛福部把募得的 4億多元善款交由花蓮縣政府處置，但花蓮縣政府使用的狀況和帳目不清，讓許多人對花蓮縣政府不信任，也對衛福部未盡督導之責存疑。
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近日，花蓮光復發生水災，財團法人賑災基金會在 9 月 25 日啟動「0923 花蓮馬太鞍溪堰塞湖災害專案募款」，統計至昨天下午 16時共募得款項逾2億元，總筆數超過 7.3萬筆，很多人也擔心善款若給花蓮縣府不會被妥善利用。
對此，賑災基金會督導陳宗良表示，去年 0403 花蓮地震後，基金會用善款給予災民生活支持，只要身分確認沒問題、屬於受災災戶，基金會會用善款給與一次性給半個月支持。
至於這次馬太鞍溪堰塞湖災害專案募款，會訂出各種不同的項目補助，僅要求花蓮縣地方政府核實災民的名冊，讓基金會能夠認定災民身分，身分確認後直接匯款給災民，至於已經死亡的災民，基金會將把現金提出來，轉交給家屬。
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其它廣泛性的協助如生活支持、醫療補助或是災民有住院需求，基金會都會訂出配套措施，例如重傷就是一個人 5萬元的醫療補助，這會透過地方政府或是衛福部社工系統，去做身分認定，並搭配帳戶認定後，第一時間撥給災民。
