新冠疫情後，流感威脅仍未解除，專家警告，今年秋冬恐面臨 H1N1 與 H3N2 雙病毒夾擊，重症風險顯著升高。台灣兒童感染暨疫苗發展醫學文教基金會董事長、感染科權威黃立民醫師指出，根據疾管署統計，截至 2025 年 8 月，全台流感併發重症病例數較兩年前同期增加超過兩倍，代表流感已不再侷限於冬季高峰，且逐步呈現全年化流行的趨勢。而今年夏季呼吸道檢體中，流感病毒陽性率達兩成，流感疫情已不再是季節限定。
黃立民提醒，今年秋冬可能出現 A 型 H1N1 與 H3N2 病毒共同流行的情況。H3N2 一向被認為是最具殺傷力的流感病毒株，若與 H1N1 同時流行，恐導致更多重症與死亡案例。以流行季重症比值分析，B 型流感為基準 1，H1N1 約為 1.2 至 1.4，H3N2 則高達 1.5，若流行規模擴大，可能造成更多人重症。
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新冠疫情對人體免疫系統也造成影響，黃立民指出，新冠病毒可造成 T 細胞損傷，導致免疫監視力下降，形成「免疫竊盜」現象，不僅流感更容易侵襲，帶狀皰疹等病毒也隨之活化，臨床上「皮蛇」病例增多。
台灣兒童感染症醫學會理事長邱政洵醫師也表示，兒童染流感的重症或住院比例明顯高於成人。據統計顯示，未滿 18 歲流感住院病人中，有七成未接種疫苗，約二成甚至須入住加護病房治療。兒童不僅自身風險高，也可能成為家庭及社區間的傳播核心，將病毒傳給老年人或慢性病患者，增加醫療負擔。
黃立民指出，日本研究顯示，為學童接種流感疫苗後，至少可間接減少一位老年人死亡，顯示兒童施打疫苗能守護自己，也保護脆弱族群。
疾管署規劃於今年 10 月啟動流感疫苗接種計畫，公費對象包括學齡前幼童、學生、65 歲以上長者及高風險慢性病患者。今年國內也首度引進鼻噴式流感疫苗，提供 2 至 17 歲兒童青少年自費接種。黃立民指出，鼻噴式疫苗能在上呼吸道提供保護，防止病毒散播；針劑疫苗則對下呼吸道保護力較高，但無法阻止病毒透過飛沫傳播。
據國外研究顯示，鼻噴式疫苗的保護效果比傳統針劑高 30% 至 50%，且免去打針恐懼，有助提升兒童及青少年接種意願。美國已將其納入 49 歲以下公費接種計畫，英國則在校園推廣施打，台灣醫界呼籲疾管署加速評估，將鼻噴式疫苗納入公費體系，保障兒童及社區健康。
