有關外界指稱行政院要求部會首長遞交辭職信一事，行政院發言人李慧芝今（25）日表示，行政院從未做此要求，部分部會首長若有個人生涯規劃或其他因素請辭，政院皆予以尊重，並感謝其在任內的付出；行政院長卓榮泰也已表示內閣人事的調整會做全盤考量，未來也將依照賴清德總統的指示進行「四項調整」，本週稍晚即會對外宣布新的人事改組。

據自由時報報導指出，內閣改組原預計今日公布，但衛福部長邱泰源22日遭約見後，至今拒絕發出請辭信，讓內閣改組進度受到拖延。據了解，異動名單除目前已知的行政院秘書長龔明鑫、經濟部長郭智輝、數發部長黃彥男，以及至今仍拒辭的邱泰源外，國發會主委劉鏡清、負責行政立法互動的行政院政務副祕書長王貴蓮也傳可能去職。

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目前已確定的人事包括：現任總統府副秘書長張惇涵可望接任行政院秘書長，而現任行政院秘書長龔明鑫可望接掌經濟部。至於9月9日掛牌成立的運動部，首任部長也確定由奧運羽球雙金得主李洋擔任。

不過，政院在今天下午做出澄清表示，行政院從未做出部會首長遞交辭職信的要求，部分部會首長若有個人生涯規劃或其他因素請辭，政院皆予以尊重，而內閣人事改組將於本週稍晚對外宣布。