丹娜絲颱風、728以及802豪雨過後，台南的廢棄物清運成為亟待處理的問題。其中，石綿瓦廢棄物因其毒性對環境及人體有害，需政府整合資源進行處理清運。民進黨立委陳亭妃指出，中央對家戶及畜牧業重建過程產生之石綿瓦廢棄物皆有整合資源協助，唯獨對中小企業廠房缺乏清運政策及支援。

陳亭妃表示，為此，她特別在立法院會質詢行政院長卓榮泰，要求院長要全力協助地方清運石綿瓦廢棄，不分家戶、畜牧場、中小企業等只要是災區，就要利用所有資源來協助，不能讓石綿瓦等有毒廢棄物造成環境的二次傷害。卓揆回應指出，災害特別條例中，有編列環境清理經費約13億元，將由環境部從中協助地方處理。

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她強調，因為畜牧產業是由農業部特別協助石綿瓦的清運補助，所以畜牧產業在清運的部份，台南市環保局有所本，但是到目前為止中小企業尚未看到專案協助石綿瓦等廢棄物清運的專案，導致廠房因風災毀損的部份，至今求助無門，如果沒有統一控管清運處理，可能會造成環境的二次傷害，也會影響復建的進度。

陳亭妃也在經濟委員會要求經濟部，因為此次風災造成地方石綿瓦廢棄物的清理約有5萬噸，13億元的經費可能不足以支應，經濟部必須有另外專案協助企業清理石綿瓦，經濟部長郭智輝也同意會立即與前進指揮所商討處理方式，全力協助中小企業的石綿瓦清運補助。

陳亭妃認為，石綿瓦若處理不當，將會造成環境污染與健康風險，後果不堪設想，因此必須由中央整合資源，給予地方最直接的支持，否則將對環境及市民健康造成傷害。