環境部27日於台日廁所趨勢交流研討會時表示，由於蹲式馬桶僅能使用濕式清潔，大腸桿菌數量遠大於坐式馬。因此，國內已修正「環境管理署輔助公共廁所興建及修繕工程督導指引」，將以推動坐式馬桶為公廁督導，未來國內每座公共廁所最多只能設置1間採用蹲式馬桶的廁所。

環境部統計，約有5成以上國人偏好使用蹲式馬桶，其中多數為女性，主要考量為擔心坐式馬桶的坐墊可能攜帶傳染病，或是認為馬桶坐墊較不衛生。

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大安森林公園之友基金會於指出，坐式馬桶可透過乾式清潔或濕式清潔，以減少大腸桿菌數量。然而，蹲式馬桶僅能使用濕式清潔，是細菌滋生源頭之一。根據採樣結果發現，蹲式馬桶周圍及地板的大腸桿菌數量遠超坐式馬桶，且蹲式馬桶周圍就是地面，讓細菌有機會透過踩踏途徑，傳播至廁所以外的地方。

環境部表示，國內使用坐式馬桶比例僅佔43.58%，過去「公共建築衛生設備設計手冊」中，僅規定每座公共廁所的坐式馬桶比例應佔4成以上。推動修正「環境管理署輔助公共廁所興建及修繕工程督導指引」後，將以「推動全坐式馬桶」為目標，引導各地建制特色公共色所，並要求受環境部補助的公共廁所在設計時，就應將無障礙、性別友善及適合親子和高齡者使用納入建置目標。