花蓮鐵路立體化與雙軌計畫原獲交通部同意併案推動，補助經費也已撥付，卻在審查1年後被要求重新評估與負擔配合款，引發縣長徐榛蔚不滿揚言抗議。交通部強調並未拖延，盼縣府儘速依法完成可行性研究，中央將全力協助審查，加速平交道改善與高架雙軌施作。
對於外界關切進度，交通部澄清，整體計畫並未中止或延後，呼籲花蓮縣府依規儘快完成鐵路立體化可行性研究，中央將全力配合進行後續審查作業。交通部補充說明，該案依「鐵路平交道與環境改善建設及周邊土地開發計畫審查作業要點」進行標準化審議，為維持各地案件公平一致的審查標準，根據相關部會意見，要求花蓮縣府依規完成立體化研究報告並重送審查。
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交通部強調，為協助地方推動鐵路立體化之可行性研究，民國111年8月時，交通部已核定補助478萬元的可行性研究經費，截至目前為止，交通部已撥付430萬元，花蓮縣政府也啟動花蓮車站以南至木瓜溪堤防鐵路立體化可行性研究案。
交通部重申，從未阻攔或是刻意拖延花蓮鐵路立體化合併雙軌改善計畫，只要花蓮縣政府依審核標準，完成鐵路立體化可行性研究及法定程序後，交通部和鐵道局都會竭力協助，讓改善工程盡早進入實際執行階段。
至於花蓮縣內花蓮至干城段共有7處危險平交道，縣府原規劃以個別改善方式推動，交通部強調，後來發現該路段亦屬交通部推動的花東雙軌計畫範圍，且雙軌工程初步採平面方式進行。為避免後續改善與雙軌工程重疊施作、重複耗費公帑並造成民眾困擾，鐵道局建議整合為高架雙軌方案，並朝「不重複施工」方向規劃，提升工程效率與整體品質。
交通部表示，倘若花蓮縣府能儘早完成立體化可行性報告，工程將可直接採高架雙軌方式施作。鐵道局也將就經費分攤進行合理評估，盼在考量財政負擔與執行效能下，協助地方減輕壓力。
交通部再次表示，鐵路工程牽涉設計、規劃及跨部會協調，必須遵守法定程序與施工流程。理解地方對平交道安全改善的高度期待，交通部強調雙軌工程目前審查穩定進行中，並未停擺，盼花蓮縣府盡速完成必要審查，讓工程早日進入實質執行階段。
