為杜絕共諜滲透，行政院人事行政總處會銜考試院通過「公務人員特殊查核辦法」修正，主要增加特查的項目與頻次，目前已公告，預計明（6）日施行，行政院發言人李慧芝表示，院長、副院長、秘書長及2位副秘書長等五長，以及相關辦公室的任職人員，會優先辦理第一波特殊查核。國防部也修改相關規定，若有必要時，涉密人員的的「特殊查核」作業，可以進行科學儀測如測謊儀等。
針對「涉及國家安全或重大利益公務人員特殊查核辦法」修正，李慧芝表示，考量政務人員同時也負責國家重大政策的規劃執行，協助首長處理秘書跟機要業務的幕僚人員平常也可能會處理到機敏資訊，這次都納入修法範圍。
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人事總處培訓考用處長李花書指出，行政院已跟考試院會銜發佈特查辦法的相關條文，主要修正兩個部分，一、查核內容：配合國安五法的修正，將涉及國安五法的重大國安犯罪類型列為特查項目之一；二、增加查核頻次：特查職務做滿一定期間，就應定期辦理特查。
李花書說，依據中央法規標準法規定，昨（4日）發布將會在明（6日）生效，特殊查核的啟動會在生效後陸續進行。至於特殊查核的期程，因為還要送請調查局辦理，可能需要一點時間。至於辦公室人員若非公務人員任用法適用範疇，目前採填自願書的方式處理，希望以後能確實完備國家安全查核。李慧芝則補充，行政院長、副院長、秘書長及2位副秘書長等五長，以及相關辦公室所有任職人員，會優先辦理第一波的特殊查核。
針對國軍方面，國防部已在5月底時修正「國軍人事資料查核運用作業規定」，國防部保防安全處長簡熒宏今天指出，針對國軍涉密查核把科學儀測納入的部分，在針對極機密、絕對機密涉密職務的部分，會要求當受查人填寫特殊查核表，在特殊查核表上會明具相關的法令依據及調查基準，共有6類32項。
簡熒宏進一步說明，當事人填寫相關資料將函請相關部會審查，有疑義者，會請當事人再填寫書面說明陳覆；倘若比對相關資料還有疑義，將派請調查員實施面訪，若面訪時沒有詳實說明，將再實施科學儀測，鑑判當事人對該職務未來工作施行的現況。至於所謂的「科學儀測」就是指測謊儀等，目前國防部使用的測謊儀與國安局、刑事局、調查局同款，以同樣方式施作，也有一定的衡酌基準。
