嘉義大埔規模5.6地震讓高鐵及台鐵列車皆受影響。高鐵部分列車延誤時間長達40至70分鐘，台鐵平均延誤30至40分鐘。為紓解旅客壅塞，台鐵今(30)日下午實施區間增停及開放站票措施，高鐵則預計在下午4時20分恢復正常營運。
根據台鐵營運規範，當遇到4級地震區域時，震後首班列車須以時速30公里慢行，第2班起提升至60公里，待人員巡查確認路線安全後才恢復正常速度。若為3級地震區域，則第1班列車以時速60公里通過，經確認路線無異常後，第2班起即可恢復正常行駛。
台鐵公司表示，因應地震衝擊，台中山線、沙鹿海線至彰化以及彰化至岡山等路段，均實施4級地震管制；香山至台中段、瑞穗至富里段則依3級地震標準辦理。為加強疏運服務，台鐵今日12時至17時期間，特別實施對號列車增停新左營站、新烏日站措施，並開放站票因應。公司表示，行控中心已與新烏日站及新左營站保持密切聯繫，即時處理各項狀況。對於尚未購票或需在車上補票的旅客，也將不加收票價。
高鐵公司指出，已於中午12時45分完成地震應變及安全巡檢作業，解除全線速限。北上列車預計從下午2時15分起、南下列車從下午4時20分起，可分別自左營站及南港站依時刻表發車，但實際發車時間仍需視列車調度情況而定。
