2025年健保總額協商最終作成兩案併陳，送衛福部長邱泰源拍板。醫界代表主張罕見疾病藥費等項移出健保，改由公務預算支應，引發各界爭議。對此，邱泰源今（28）日受訪時回應，罕病依然在健保總額裡，且明年公務預算還額外加 20億用於罕藥。
醫界要求增加 247億元經費，健保署長石崇良詳細說明預算計算方式，指出若按 5.5%的高推估成長率計算，明年總額將達 9,286億元，比今年增加 530億元。然而，經過計算公式運算，實際可協商金額僅 174億元，涵蓋所有醫療部門。因此，醫院 247億元的增額要求已超出可討論範圍，致使協商陷入僵局。
罕病藥物部分，醫界代表主張罕見疾病藥費等項移出健保，改由公務預算支應，僅編列 0.3億元，引發爭議。健保會執秘周淑婉表示，總額中罕病與血友病藥物一同編列，付費者代表版本編列 180.3億。
邱泰源今日接受媒體訪問表示，確實罕病醫療費用一直暴漲，但他們也非常需要我們照顧，罕病還是在健保裡面，健保總額成長率每年約4%，罕病藥費每年增加則達到 10%，健保總額還是給付，而且明年會編得更多。不僅如此，公務預算還額外加 20億，邱泰源強調，「希望罕病病人與家屬得到最好照顧，也是政府應有責任」。
