民眾黨主席柯文哲被踢爆政治獻金申報不實，又被發現在5月10日以自己名義花4300萬元全額現金買入濟南大樓3樓48.76坪的商辦，柯文哲受訪時也坦承是使用「選舉補助款」購買個人辦公室，引發質疑聲浪。行政院長卓榮泰表示，選舉補助款也是民眾血汗錢，用於選舉與公共服務費用、設置服務處等都合理，但沒有人用於購置不動產。
卓榮泰27日晚間接受民視「新聞觀測站」節目專訪，被問到如何看待近日柯文哲陷入的選舉補助款及政治獻金風波，卓榮泰指出，選舉補助款與候選人自行募款來的錢，都同等重要，一個是民眾捐獻，另一個是政府用民眾血汗錢協助候選人選舉。如果將選舉補助款用於當作生活補助，絕對不當。
卓榮泰續指，過去有人將選舉補助款用於選舉費用，或是當作未來公共服務費用、設置服務處等都合理，但沒有人用於購置不動產。至於未來是否需要強制選舉補助款用於公共利益等用途，卓榮泰強調，不需要為一個人的疏忽就更改制度，社會自有一套標準，問題不在制度。這些制度已歷經許多次選舉考驗，制度沒有問題。
另外，監察院日前公布2024總統候選人申報的會計報告書顯示，柯文哲的政治獻金申報出現金流不明情形。卓榮泰回應，民眾捐贈政治獻金，本身就有額度規範、虧損公司不能捐等限制，整體制度已行之多年，大家都很熟悉，也未發生太大問題，偶有申報瑕疵可透過行政處分處理；如果少部分人有問題，應該從個人處理下手，制度調整並不急迫。
柯文哲妻子陳佩琪被爆料7月份去看立法院附近的上億豪宅後承認確實有「幫兒子看房子」，柯文哲也被抓包早在5月10日以個人名義4300萬元現金購入林森南路的商辦。柯文哲受訪時證實此事並宣稱，是以個人選舉補助款購買，其補助款乃參照「其他黨的慣例」，三分之一歸中央黨部，三分之二歸個人，並用這筆錢設為他個人的辦公室，長期要使用的。
依據柯文哲的說法，他在總統大選拿到369萬466票，獲得約1.1億元的選舉補助款，有逾7380萬元進柯文哲的口袋。不過，當時民眾黨發言人李頂立指稱，柯文哲的選舉補助款使用上主要會用在政黨維持營運的經費，包含政黨、立院黨團與地方經營等，加上柯文哲也有前往全台灣走訪收集民意的計畫，另也會將部分用作公益。
至於藍綠總統候選人如何運用選舉補助款？獲約1.6億元的賴清德總統宣布將這筆錢分成3等分，1部分用作公益及公共使用，第2部分作為創黨、建黨黨員弱勢照顧及年輕黨工出國進修獎勵金，第3部分依規定回捐給黨中央。新北市長侯友宜也依照黨內規定將選舉補助款收歸黨庫，列為黨務相關開銷之用，並未如柯文哲所稱「按慣例將三分之二歸個人」。
