近期疾管署宣布全國4,500餘家健保特約藥局可讓民眾領取免費快篩，並給予管理費用，不過卻引起了醫師公會全聯會不滿，因基層診所同樣協助發快篩，卻未有管理費用。對此，衛福部疾病管制署回應，仍在研議當中。

為有效運用COVID-19家用快篩試劑，疾管署請中華民國藥師公會全國聯合會，自113年5月6日起於全台4,500餘家健保特約藥局設置COVID-19家用快篩試劑發送點，並依藥師公會規劃之試劑發放點，配送844萬餘劑家用快篩試劑至藥局，包括效期至113年5月底約184萬劑、113年6月660萬劑。

不過，醫師公會指出，疾管委請社區藥局發放免費快篩試劑，有給予相當管理費用，但基層診所同樣協助配合政府發放家用快篩，卻未能比照藥局獲得合理費用。

對此，疾管署發言人曾淑慧接受媒體訪問表示，這次藥局發放快篩，確實有透過藥師公會給予相關行政管理費用，至於基層醫療院所發放快篩，因時空背景及協助發放性質上都有所不同。

疾管署近一步指出，當時是因應國內新冠疫情，有撥配快篩到基層醫療院所，提供醫師診治時使用。目前有朝協助發放快篩的基層醫療院所提供補助方案，現在都還在研議當中。