馬祖設籍人口僅1萬4000餘人，卻有2座機場為全國僅見。北竿機場歷經2次空難後，有了南竿機場的誕生；但南竿機場先天地形限制，讓北竿機場擴建案在爭取10年後終獲行政院核定。
根據連江縣政府「北竿機場跑道與新航站區擴建工程建設計畫」資料指出，馬祖列島受地理環境限制，各島板塊無法有效連接，加上83年北竿機場啟用2、3年後，歷經2次空難，共造成22人罹難，催生由軍用機場改建之南竿機場，並從92年起以雙機場模式營運至今。
該計畫亦說明，目前馬祖2座機場皆為2C機場，飛航條件相對嚴苛且易受天候影響。其中，南竿機場受限於天然地形限制，若欲提升至3C類航機之儀降環境，初估至少需投入新台幣500億以上，但北竿機場僅需343.7億，且改善後的起降標準與航班取消率皆優於南竿，故最終選定北竿機場改建。
在連江縣政府與交通部民航局通力合作下，從104年立委考察結論起，依程序辦理可行性評估、航空研究、綜合規劃、環境影響評估、建設計畫、設計規劃及工程採購等，終於在今年4月底由行政院正式核定。
連江縣政府強調，北竿機場擴建後，航廈年容量可望提高至60萬至100萬人次，霧季航班取消率可望由現況的22.2%降至4.8%，且能提供夜航。但是否北竿機場擴建完工後，南竿機場就會走入歷史，則是要視連接南北竿的馬祖大橋建造進度而定，在大橋興建完畢之前，皆維持南北竿雙機場飛航。
縣府強調，第一期工程為跑道改善，所需經費新台幣220.3億元由民航事業基金支應，預計125年9月完工。扣除4年6個月規劃期，跑道施工預計工期為7年3個月，期間將影響班機起降。
但行政院建議評估適當工法，研議在施工中仍可起降飛機，或在不影響居民睡眠下全天日夜施工等，以縮短工期。
