國道三號中寮隧道位處兩大斷層交界處，完工通車後，因斷層持續活動造成隧道內路面擠壓隆起及高架橋端伸縮縫擠壓損壞，後續高速公路局啟動改善工程。不過卻傳出施工廠商偷工減料，檢調單位偵辦並起訴工程施工廠商及監造單位。對此，高公局表示，不合格部分當時已要求施工廠商確實改善完成並檢驗合格，同時也依契約規定予以扣罰、追償相關損失金額。

高公局說明，為確保高速公路及用路人安全，高速公路局啟動拆除橋隧、改建路堤之改善工程，改善工程於106年3月15日開工，並於109年4月30日完工，109年間辦理工程驗收階段，遭檢舉中寮隧道北洞口上方邊坡第4階岩栓有長度不足。

當時，高公局會同高雄市調查處進行現場品質驗證並協助調查，續為確認整體邊坡岩栓施工成果，另進行全區邊坡岩栓品質調查及驗證作業，整體邊坡現況符合安全規範標準，不合格部分也已要求施工廠商確實改善完成並檢驗合格，期間經歷多次颱風豪雨來襲，以及111年9月18日台東關山大地震、113年4月3日花蓮大地震，均未發生致災情形，高公局持續進行邊坡穩定監測工作，結果顯示中寮隧道北洞口邊坡仍屬穩定狀態。

而有關檢調單位偵辦並起訴本工程施工廠商及監造單位，高公局表示，除積極提供資料配合司法單位調查外，也依契約規定予以扣罰、追償相關損失金額，刻正依採購法及工程會規定檢討廠商涉及採購法101條之事實與依據，後續將依檢討結果處置。