金廈快艇事故造成2名中國籍漁民死亡，而事件發生後中國海警船大批聚集金門海域，甚至突破我海峽中線，使兩岸情勢陷入緊張。

有媒體報導，資深國防部官員透露，中國3艘海警船於2月27日直接進犯我東部海域，而當下卻沒有海巡艇前往監控，國防部緊急派出寧陽號飛彈巡防艦前往，這是金門快艇翻覆事件後，首次發生我軍艦驅離中共海警船案例。

對於中國海警船越過海峽中線侵犯我東部海域一事，海巡署今天透過新聞稿澄清，本案都有全程掌握，並派遣任務艦應處，並非報導所述「海巡全無艦艇對應」。

海巡署說明，2月27日下午3時50分就已運用監控系統，發現東部外海有3艘不明目標編隊航行，經與海軍艦戰中心核對，確認「海警2303、2304及2305」等3艘於花蓮港東方53浬（限制水域外25浬）往北航行中。而海巡署立即通報艦隊分署派遣台日海域「南投艦」前往預置應處，同時通報海軍艦戰中心請附近巡弋的海軍寧陽艦協處。