有媒體報導，《國土計畫法》卡原青返鄉發展與內容提及「國土計畫法封殺原民土地合法化途徑」之報導，國土管理署嚴正澄清絕非事實，強調《國土計畫法》第23條規定，如涉及原住民族土地及海域的土地使用管制，可依照《原住民族基本法》第21條規定辦理，是國內首部納入原住民族諮商同意機制的空間規劃法令，要落實原住民族居住權益及傳統文化保護工作。此外，為使原鄉青年可返鄉發展特色產業，該法也賦予地方政府可依據實際使用情形，訂定因地制宜的土地使用管制規定，以符合原住民族轉型正義及使用需求。
國土管理署表示，《國土計畫法》政策推動的過程中以「保障原住民族既有居住權」為優先，刻正與原住民族委員會共同研商及訂定「原住民族土地使用管制規則」，只要符合「屬原住民族土地」且「存有2016年5月1日前之既有建物」2項要件，即可依規定申請作住宅使用。
此外，有關新竹縣政府曾建議要將零售、餐飲及民宿等部落生活及產業發展所需的使用項目納入輔導部分，現已請原住民族委員會評估各縣市實際需求，以納入條文中來訂定，報導中表示縣府建議都沒被國土管理署採納，應屬誤解，國土管理署特別予以澄清。
國土管理署進一步說明，據內政部2021年度補助新竹縣政府辦理部落調查成果資料顯示，新竹縣原住民部落內既有建物共有6,683棟，其中包含住宅使用有2,584棟、獵（工）寮761棟、零售使用671棟，尚有農業設施、倉儲、宗教、殯葬及其他使用等約2,667棟，使用型態多元，且經多次進行部落訪談，族人表示因新竹縣觀光產業蓬勃，有許多外地人前來部落經營民宿、露營場等，搭蓋違章建築，破壞部落自然環境。
有關新竹縣政府原住民族行政處表示「新竹縣造冊有1,000多棟現有房屋，地方大多希望能劃設為農業發展地區第4類（簡稱農4）」之意見，國土管理署也再次重申，《國土計畫法》是要優先保障原住民族既有建物合法及維護居住權益，而農4則是就人口密集區域範圍進行劃設及導入地區整體規劃，兩者分屬不同的政策目的，且考量部落內土地仍存有非原住民族使用或其他違建存在的事實，應審慎界定輔導合法範疇，不宜貿然全數劃定為農4。
國土管理署最後表示，《國土計畫法》已有納入原住民基本法精神及規範，應透過更細緻的規劃程序讓部落族人能夠參與相關討論，擬定因地制宜的土地使用管制，以滿足不同原住民族部落的生活、文化及產業發展需求。
