總統蔡英文去年被問到有沒有考慮特赦陳水扁時，她表示，沒有想到、也還沒開始想。不過，有趣的是，根據國史館出版《陳水扁總統訪談錄》，對於國務機要費爭議，前總統陳水扁透露，蔡英文在自己特別費案件接受特偵組檢察官越方如偵訊後，竟然跑來總統官邸找我，是不是可以請阿扁總統特赦余文，因為她認為馬英九不可能特赦余文，但阿扁總統是可以的」。

陳水扁2009年國務機要費出庭時曾透露特偵組檢察官越方如透過蔡英文要求特赦余文。而他在最新的國史館回憶錄進一步詳述這個情形。

陳水扁說，「特偵組檢察官越方如就讀政大時是蔡英文教授學生，蔡英文擔任陸委會主委期間也涉及「特別費」爭議，被傳去特偵組詢問。當詢問完畢，竟然跑來總統官邸找我，是不是可以請阿扁總統特赦余文，因為她認為馬英九不可能特赦余文，但阿扁總統是可以的」。

陳水扁說，「身為特偵組檢察官竟可以要求她調查對象到總統官邸來傳話，整個特偵組色彩如此濃厚。還有很多事情講起來非常不堪，容我先做一些保留。」

2006年10月 27日，查黑中心檢察官陳瑞仁到總統官邸詢問陳水扁時，陳水扁說，「當他要起身離開時，竟然都丟下一句話：「一切就交給人民審判罷！」當時總統官邸外面的洪衫軍正鬧的如火如荼，萬萬沒想到當年查黑中心檢察官竟然對我說出這樣的一句話，顯然在配合外面的紅衫軍之亂，更沒想到3天後，他正式起訴我太太，他把我列入共同被告，但我是現任總統得不受刑事的訴追。從查黑中心到特偵組檢察官，專門在做這一些事情，特偵組儼然成為「扁珍組」。後來他們的目的達到了，也就沒有什麼功能，最後難逃被廢掉的下場」。