政府與高端公司的武漢肺炎疫苗採購合約一再成為選戰攻防焦點，隨著總統大選落幕，保密條款及疫苗價格等相關爭議仍受關注。衛生福利部疾病管制署16日提前公布高端疫苗採購合約，500萬劑金額新台幣40億3000萬元，署長莊人祥表示，當初每劑700元是在資訊不明確下預估，高端出價950元，議價後均價840元。
高端疫苗合約16日提前公開，疾管署召開記者會，針對外界質疑為何高端疫苗採購單價新台幣810、881元，高於預算所編列的700元，莊人祥解釋，規劃採購初期各項資訊都不是很明確，僅能以預估價格編列預算。700元是2020年11月編列採購預算時，以115億元、採購國內外疫苗總共1500萬劑估算，且不含冷鏈運送及其他作業費用。
莊人祥透露，後續在2021年2月至5月間進行議價，一開始高端喊出每劑單價950元，並只願意配送20個點，疾管署極力爭取權益，讓配送點增加到200個，價格也協商到單劑量每劑881元、多劑量每劑810元，連冷藏冷鏈、預防接種受害救濟基金徵收金都包含在內。向其他國際大廠採購的COVID-19疫苗，如BNT、莫德納等，冷藏冷鏈的費用都是另外計算。
莊人祥另外提到，2021年採購國產COVID-19疫苗時，國際疫苗獲緊急使用授權（EUA）核准者，多為mRNA或腺病毒載體疫苗，與國內廠商所採的蛋白質次單元疫苗不同，並沒有同種類疫苗採購價可參考。又每種疫苗開發基礎不同，成本計價也不同，加上國際疫苗大量生產，國內疫苗廠產能規模小，故難以互相比較。
根據疾管署簽約執行的高端疫苗採購合約內容，合約總價金一共為40億3000萬元（含稅），單劑量採購數量為200萬劑，每劑價格為881元（含稅）；多劑量採購數量為280萬劑，每劑價格810元（含稅）；高端公司另外贈送20萬劑以多劑型包裝供應。
莊人祥說明，當時多數疫苗都沒有完成完整臨床試驗，基於扶植國內廠商提升疫苗研發及生產能力，若是廠商盡最大努力而無法履約，已付價金不退還，履約保證金可返還。第1、2期總計給付價金8億600萬。至於保證金部分，莊人祥指出，依政府採購法辦理緊急採購作業，如無特殊需要，免收保證金。
莊人祥續指，但為敦促廠商履約，並且保障機關權益，有要求高端在簽約後的次日30日內繳納契約金額5%的履約保證金，即2億150萬元，由於高端有取得EUA，沒有使用到該條款。依據與高端公司所簽訂的採購契約與保密合約，雙方均必須對契約內容予以保密，這是比照國際商業慣例。原約定保密期限是至合約簽署日後5年，16日是雙方皆同意提前公開。
