立法院臨時會9日邀請行政院長陳建仁針對是否公布高端疫苗合約進行專案報告，陳在答詢時指雙北疫情告急，是因為當時的台北市長柯文哲、新北市長侯友宜防疫都做不好。對此，國民黨總統候選人侯友宜回嗆，堂堂行政院長「睜眼說瞎話」，難道忘了疫情指揮中心的指揮官是民進黨嗎？防疫視同作戰，不是應該中央地方一條心嗎？ 怎麼講這種抹滅良心的話？

侯友宜回顧疫情爆發時，民眾要口罩沒口罩，要快篩沒快篩，要疫苗沒疫苗，大家看到的是缺疫苗賺疫苗、小吃店進口快篩，「沒良心發國難財」。

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侯友宜提到，他曾經主張入境普篩、口罩實名制、快篩陽視同確診等建議，中央政府遲遲不採納，尤其入境普篩拖了一年多，如果早點實行、有效控制，如果民進黨不要「政治防疫」，相信可以減少很多傷亡。

侯友宜指出，新北市疫情是重中之重，地方政府在第一線作戰時，網軍、側翼、甚至政論節目天天攻擊。民進黨總統候選人賴清德是萬里人，疫情期間有打過一通電話關心嗎？有到新北市看看市民嗎？現在要選票，一來就是十幾趟。

侯友宜競選辦公室發言人李利貞表示，外界質疑「3＋11」是疫情破口，陳建仁在2021年6月接受媒體專訪時表達認同，同時呼籲「民眾應多給中央、地方防疫機關掌聲，少指責、少口水、多鼓勵、多幫助，一起做好防疫工作。」李利貞表示，這就是典型換位子換腦袋，流行病學專家陳建仁說要多鼓勵，行政院長陳建仁卻帶頭亂指責、噴口水，在人民的傷口上撒鹽。