傳出民眾黨總統參選人柯文哲曾為在「太陽花事件」時期攻擊國民黨前立委蔡正元，而柯還在近日為此事向蔡道歉。雖然柯文哲辦公室回應稱柯文哲僅與蔡正元就太陽花時間交換意見而非道歉，黃珊珊也說「不要以訛傳訛」，但始終無法平復傳聞。當事人蔡正元今天（12日）親自發文回應爭議，指自己從未在太陽花事件被柯文哲攻擊，因此柯文哲也沒有道歉的必要，並祝柯文哲高票當選。

蔡正元於貼文中表示：「柯文哲崛起於 2013 年洪仲丘事件，發展於 2014 年太陽花事件，並於 2014年當選台北市長」，指兩人在洪仲丘事件中立場相同，即使後來在太陽花事件中立場不同，卻也從未因此互相攻擊。

蔡正元表示「在學運份子搞罷免案期間，柯文哲、姚立明、黃國昌、蘇貞昌、彭文正、蔡英文、賴清德、謝長廷、黃珊珊、周玉蔻等人紛紛表態支持罷免蔡正元，這群人加起來的號召力不過爾爾」，又指「不過政治人物是為人民做事的工作，這些政治上的恩恩怨怨，蔡正元一切以大局為重，心中從來不以為意」。

蔡正元表示：「太陽花事件時，柯文哲沒有攻擊過蔡正元，幹嘛道歉？」，「但是柯文哲是有為了他跟黃珊珊在其他政治事項的罪過蔡正元的事情表示歉意」，並指柯文哲很有風度，在處理恩怨上有政治領袖的高度。

蔡正元表示：「就憑柯文哲這麼善於處理政治恩怨，蔡正元要公開表示，祝福柯總統高票當選」