因近期流感流行期，不少學生出現流感症狀，流感疫苗打氣也隨之高漲，開打5天已有近百萬人接種流感疫苗。不過家長憂心小孩會打到高端疫苗，而多縣市也表態校園不會分配到高端。對此，衛福部長薛瑞元今(7)日表示，會給予尊重，但不應有扣住任何一種廠牌，甚至不配發施打的現象發生，影響民眾權益。

高端於疫情期間就被許多民眾排斥，而如今流感公費疫苗開打，家長也憂心疫苗的效力與安全性等，擔心小孩會打到高端疫苗，甚至出現拒打潮，而台北市、台中市、台南市等多縣市也因此宣布，不會讓高端疫苗分配到學校進行施打。

對此，薛瑞元表示，地方政府如何分配，都給予尊重，但需把疫苗接種完，不能夠特別把某個廠牌疫苗扣住不分配下去，影響民眾權益。衛福部也會持續監測疫苗使用，但目前為止，未有此情形。

此外，根據疾管署統計，至10月2日開打後，至10月6日已經接種99萬6,394劑，去年同期累計接種數則為77萬5,820劑，今年累計較去年增加22萬0,574劑。