駐日代表謝長廷今天在臉書發文表示，對於在野黨立委指他於2005年任內擔任行政院長時，阻擋潛艦國造一事表達反駁，並強調這是有人意圖轉移國家機密外洩焦點的說法。
謝長廷表示，外交國防屬於總統的權限，行政院長怎麼可能去阻擋；2005年朝小野大，國民黨、親民黨的立委占絕對多數，如果立法院真要做，行政院長怎敢拒絕執行，且未發生任何衝突。此事最後是依國防委員會多數立委的意見辦理，行政院配合而已。
謝長廷指出，前親民黨籍立委林郁方確實於2002年提案要求潛艦國造，但當時也有人解讀是爲了反對向美國軍購潛艦的藉口策略，「當時美國跟台灣談了很久，好不容易同意售台8艘潛艦，台灣很想購買，但林郁方所屬的親民黨卻主張大刪軍購預算的半數金額3000億元，雖然後來經協調刪了1000多億元，但預算金額差很多，立法院又有人提案要國造，軍購案因此耽擱」。
他說，8艘潛艦買不成，美國也反對台灣自己國造，建議把舊的潛艦修理維護再使用，台灣只能接受，「當年副院長吳榮義是潛艦國造小組召集人，又有出席總統府的國安會議，就由吳榮義和立法院國防委員溝通，不向美國購買或自己建造，接受修繕舊艦使用的建議」。
當年身為行政院長的他擔心民眾不安反彈，國親兩黨立委阻擋軍購已成功，因而同意，形式上由行政院先完成預算變更手續，再向委員會報告，改成維修舊艦使用。
媒體近日報導，前海軍顧問郭璽指控國民黨立委馬文君將潛艦機敏資料交給韓國國安單位。對此，謝長廷在臉書強調，台灣需要潛艦來保護台海和國人的安全，這是國家的整體利益，潛艦國造才能確保來源穩定，最為理想，但初期技術零件都需外國協助，除美國外，日韓或其他國家都忌憚中國的抗議和報復，即使要協助台灣也不得不低調，做一些掩護或偽裝。
他說，若台灣要向日韓要求技術或零件支援，為了成事，有時要偽裝成民間商業形式來處理，由民間公司聘請技術顧問或民用船舶購買零件的方式來做，為的是避免遭受破壞、阻撓，而忍辱達成國艦國造的艱難任務。
他指出，這期間如果有台灣高官或立委依職權得知內幕，反而指責這是政府假裝民間的騙局，向日韓政府告發或直接告知中共，造成配合台灣的外國友人受害，破壞潛艦國造計畫，「這當然是涉嫌洩密、外患叛國的行為」。
