國民黨立委馬文君涉及將潛艦國造機密檔案洩露疑雲持續延燒，針對後續艦是否因洩密案有所影響。邱國正表示，不期望有任何因本案所造成後續的影響，他重申，潛艦國造是好事ㄧ樁，平和落幕，畢竟對戰訓是有幫助的。
馬文君辦公室指出，將相關音檔送出之前，有與國防部次長房茂宏確認過沒有機敏性。邱國正強調，這件事情點點滴滴他都有參與，也向馬辦針對內容做過說明，案子已進入司法程序，檢調也會來問，國防部會依照檢調所需資料全數提供，完全配合。
邱國正表示，資料機敏性由檢調評判，國防部沒有要刻意去指這一份資料如何，那一份資料如何？潛艦國造本來就是好事一樁，演變成這樣不樂見，期望平和落幕也不偏袒任何一方，總之檢調要的資料就提供，就自有一個論斷。
馬文君認為，傳出去的資料受到國防部認證非機敏資料，意指國防部背書。邱國正說，他不清楚這一段，但他進一步說，在做戰訓本務工作，沒有哪些該做故意不做，同仁都很認真，不要為了一件事情否定國防部，他不能接受。
遭海軍顧問郭璽批評大蕃薯，不適任國防部長一職，邱國正表示，他根本就不認識這個人，要評論就要了解再評論，對他不了解。另外徐巧芯也針對洩密案多次發言及公佈相關錄音黨，邱國正則反問，她是誰？我沒接觸不認得！
