民眾黨總統參選人柯文哲，對外表示幾千萬顆進口蛋報廢不容易，且將對環境污染大。農業部今(4)日表示，逾期蛋銷毀將由中央畜產會委託專業禽畜糞堆肥共同處理場，採多元循環再利用方式製作有價值之堆肥，已盤點足夠量能，預計招標作業完成後，約6周達成，而委託堆肥場為合法設立，不會對環境造成汙染。

農業部表示，因專案進口雞蛋搭配建立滾動安全庫存，為確保消費者糧食安全與不影響國內市場秩序，目前5,400多萬顆到期雞蛋，全數封存於中央畜產會倉庫，並透過倉儲管理單位針對廢品儲位同步做出貨系統鎖單控管，除完整標示「報廢品待銷毀」，也依規定整板包膜，不會流入國內市場販售，請消費者可安心。

農業部強調，待銷毀的進口雞蛋，已請中央畜產會提出「處置過期進口雞蛋回收銷毀程序計畫書」，後續將依「禽畜糞堆肥場營運許可管理要點」規定，公開招標委託專業禽畜糞堆肥共同處理場清運並由專人監控，交由禽畜糞堆肥場以堆肥化方式銷毀處理，轉製為肥料再利用。

目前畜產會已提出堆肥化處理期程，也已盤點目前取得農業部核發禽畜糞堆肥場營運許可證之代處理堆肥場之處理量能，預計招標完成後，依照排程目標約6周達成。