台灣年初缺蛋，農業部專案進口國外雞蛋以緩解國內「蛋荒」；然而，民眾黨總統參選人柯文哲質疑：「台灣蛋荒還會缺多久？過去台灣在冬天禽流感肆虐或者農曆年前需求量提升，才可能出現蛋荒。但現在根據農業部『雞蛋產銷資訊』，目前台灣雞蛋每日生產量約2290萬顆，若以全國需求來算，一天大概缺上百萬顆。大規模進口雞蛋治標不治本，甚至可能變成禽流感破口。」
柯文哲表示：「蛋農告訴我，台灣H5N1持續肆虐，台灣的養雞場有九成缺乏良好防護，很容易因為野鳥飛入散播病菌感染死亡，他有朋友原本養四萬多隻蛋雞，現在剩下一千隻。還有三四萬隻雞的雞舍，因為禽流感一隻不剩。沒有雞，就沒有蛋 。但農業部啟用的10.5億元的雞舍改建補助方案，多半停留在更換零件的單項升級，而不是整體升級，使雞舍難以與帶病菌的野鳥禁絕。」
柯文哲提到：「還有一些蛋雞籠舍髒亂、經常堆積糞便滋生細菌。以實際數字來說，台灣雞每隻每年可生產的雞蛋量只有190顆，遠低於日本305顆、義大利299顆、法國243顆，農業部該做的，是有效提升台灣蛋廠養殖環境，真正提升產蛋率。但現在為了平息民怨，大撒幣進口雞蛋，這些進口蛋有沒有做到源頭把關 ？為人民食品安全把關？」
此外，資本額50萬元的超思公司自巴西進口8814萬顆雞蛋，占總體進口量約6成，且每顆雞蛋到岸價格不到6元，近日遭受國民黨、民眾黨質疑。農業部長陳吉仲指稱，多國都因禽流感疫情缺蛋而搶蛋，超思卻能進口巴西蛋，超思當初將巴西原要賣給日本的雞蛋搶到台灣。
對此，柯文哲指出，巴西今年5/15發現野鳥確診高病原性禽流感，後來在其他7個州發現50起高致病性禽流感（HAPI）；5/22，巴西政府發布180天動物衛生緊急狀態，巴西6/27發現後院飼養禽隻確診高病原性禽流感，我國6/28才公告巴西是禽流感疫區，但「不限制已經裝箱的雞蛋進口」。比其他國家動作慢了一個多月，還得意洋洋地說「台灣是從日本搶雞蛋」、「給人民福利」。
柯文哲續指：「針對已經爆發禽流感的巴西養雞場，有沒有過度用藥壓雞瘟的問題，農委會或農業部也是鴕鳥的停留在一般的『海關抽檢』，這簡直是放生人民食品安全，也可能導致禽流感持續肆虐台灣。眼看馬上要入秋，面對未來可能因為溫差導致禽流感病菌更活躍的問題，除了大撒幣，還有其他政策嗎？」
