政府專案進口雞蛋屢受質疑，民眾黨總統參選人柯文哲批評農業部沒做好供需管控導致蛋荒，卻欺騙人民是因為禽流感，只會要農民「看天吃飯」，蛋荒爆發後，再拿人民納稅錢大撒幣粉飾太平。從澳洲進口空運的雞蛋一顆補貼高達32塊，還跨口此舉創造整體政策效益60億。農業部長陳吉仲深夜在臉書發文駁斥柯文哲的5大不實指控，並強調雞蛋專案進口非圖利特定業者。
針對柯文哲評論雞蛋專案進口指控， 農業部嚴正澄清「進口雞蛋最高一顆補貼32元是因緊急採用空運，事實上平均一顆補貼3.8元」、「全球禽流感大流行各國出現搶蛋潮，台灣也受災情影響」、「進口雞蛋沒有因供過於求放到爛掉，國產雞蛋更不可能滯銷」、「中央畜產會根據畜牧法協助進口雞蛋事宜一切合法」、「專案進口後蛋價平穩是事實、消費者完全可以體會」。
陳吉仲在臉書發文寫道：「四年來首度登陸的海葵颱風正在台灣上空，農業部同仁嚴陣以待防颱的時候，我們還是不得不跳出來對柯文哲的錯誤訊息大力澄清。柯文哲稱『一顆最高補貼竟然高達32塊，政府失能導致市場失衡』，事實上進口雞蛋最高一顆補貼32元並非常態，而是因為初期緊急進口採取空運成本較高，事實上整體進口雞蛋平均一顆是補貼3.8元。」
陳吉仲說明，三到七月進口雞蛋共1億4882萬顆，空運數量僅537萬顆，僅佔3.6%，其他皆為海運，空運專案也只有在三月與四月實施，採取空運更是為了因應緊急狀態，因國內雞蛋生產不足、黑市價格猖獗、民眾排隊買不到蛋引起嚴重民怨，為了緊急進口雞蛋，才採取空運方式進口，首批即以澳洲空運進口來台，以解燃眉之急。
陳吉仲提到，柯文哲指稱「農委會一開始沒有管控好供需，欺騙人民蛋荒都是因為禽流感，反觀鄰近國家卻沒有如此災情慘重。」事實上全球都面臨嚴峻挑戰，由於這次禽流感新病毒株H5N1是歷年來致死率最高，造成全球各地家禽產業和雞蛋產量受到重大影響。
陳吉仲表示，根據防檢署資料顯示，111年10月1日至112年2月10日的統計，美國已經撲殺5700萬隻、日本撲殺1478萬隻雞，法國也撲殺了2000多萬隻，台灣約撲殺74萬隻。因有所有地方政府和各單位防疫同仁共同努力，把禽流感防控做到最好，但各種疫病加上氣候因素，還是造成雞蛋產量減少，為滿足民眾需求，農委會持續努力加強調度以滿足消費者需求。
陳吉仲指出，柯文哲文中聲稱「瘋狂進口不精算數量，再導致雞蛋供過於求，進口蛋放到爛掉，也造成本地蛋滯銷」，所有專案雞蛋進口數量都有依國內當時生產狀況及消費需求來評估規劃，進口雞蛋同時也建立國內滾動安全倉儲以確保糧食安全，國產雞蛋深受國人喜愛，從缺蛋到現在都沒有國產蛋滯銷的問題。
陳吉仲續指，除了在國內雞蛋產量不足時調度進口殼蛋滿足市場需求，進口雞蛋也會以液蛋、水煮蛋、蛋粉等各種加工方式延長保存效期建立庫存並調度加工業者以穩定產銷，進口雞蛋沒有因供過於求放到爛掉的情形發生。進口雞蛋的目的是調節國內缺口，當國內雞蛋產量充足時，進口雞蛋就會調度加工， 不會有因為進口蛋而造成本土雞蛋滯銷的現象。
陳吉仲直言，柯文哲指控「中央畜產會、官股農業國家隊台農發公司也可以危機入市，摻一腳進口雞蛋大發國難財。」更是不實指控。柯文哲可能不知道中央畜產會是如何成立，中央畜產會是依據畜牧法而成立的財團法人，為的是有效維持畜產品產銷制度、促進畜牧事業之發展，並不是以賺錢為目的。許多國內畜產品產銷調節就是畜產會來執行，如豬肉產銷調節就是一例。
陳吉仲反問，這次國內雞蛋產量不足，畜產會肩負執行雞蛋專案進口的政策目標，哪裡有發國難財？同樣的，台農發公司成立目的就是要外銷台灣農產品及肩負農業部糧食安全的目標，當時雞蛋專案進口啟動時，農業部直接要求台農發公司前往具貿易往來經驗之泰國、菲律賓等國家，第一時間將雞蛋專案進口，何來發國難財之說？
陳吉仲補充，今年二月因雞蛋產量降低，開始出現黑市價格，當時產地價格從一台斤41.5元漲到45.5元，但黑市價格卻喊到一台斤80到90元，消費者苦不堪言，自從三月底第一批進口雞蛋抵達後，補充市場需求，黑市價格及搶蛋亂象逐漸消弭，產地價也才一路回穩到六月的一台斤43元和七月的40.5元。
陳吉仲在文末寫下：「每天購買的消費者最有感，因為讓每顆蛋零售價格至少減少2.2元，消費者在三到七月所需的30億顆蛋，總體減少60億元以上的支出，政策效益是雞蛋專案進口5.7億元的10倍以上」，他堅稱：「農業部沒有圖利業者，而是讓全民得利！」
