端午連假將從週四開始，因此航港局也啟動離島疏運，台灣本島與離島間海運客運預計開航11條航線、共845航次，提供近22萬人次運能；小三通開航4條航線、共100航次，提供2萬6千餘人次運能，共15航線；另外，明日11時30分從馬祖往台北的「南北之星2號」已因為海象不佳停航。

航港局表示，依目前掌握的天候狀況，明後天可能會影響馬祖班機起降，建議可搭乘22日上午10時自台北港出發之「南北之星2號」，或22日晚上22時30分自基隆出發之「新台馬輪」，目前22日馬祖南竿往台北港航線訂位率已達98.3％，因此建議有自馬祖前往台灣旅客，可搭乘當日中午由馬祖前往基隆的「新台馬輪」航班。

另外，原排定「南北之星2號」於明日11時30分從馬祖往台北航班，因海象不佳業者已宣布停航；另「新台馬輪」明日晚上從基隆出發至馬祖航班訂位率已超過95%，提醒前往馬祖旅客務必預先訂位，避免座位售罄無法順利搭乘。