台鐵因配合鐵道局嘉義市區鐵路高架化計畫及EMU3000型城際列車、EMU900型電聯車投入營運，為了提升服務品質，自4月26日起進行列車時刻大調整。不過才改點不到半個月，就引來民眾罵聲，民眾指出，大改點後刷電子票證僅能搭慢車。對此，台鐵局回應，每日有近800列次可使用電子票證搭，另傾斜式列車、EMU3000型及專開列車等不開放電子票證乘車。

台鐵於4月26日起大改點，不過卻有民眾向媒體投訴，改點後只剩區間車可以刷電子票證搭乘，通勤族無法用站票搭乘快車。對此，台鐵局回應，全線平日有874列客運列車，其中有793列可使用電子票證。假日則是881列客運列車，當中有788列可使用電子票證，只有少數城際列車不開放電子票證。

此外，台鐵局說明，為提升運能，改點時投入新式EMU900型區間車42編組（每編組有10節車廂），整體區間車運能大幅提升達30％。至於少部分尖峰通勤時間帶及區段，有列車班距較長，將搜集意見後，6月份再進行調整。