台南鐵路地下化工程原本預計2026年全線完工，但由於施工中挖到了19處文資遺構，因此確定無法如期完成，這也是南鐵地下化工程2度展延，對此，鐵道局表示，目前還有部分文資遺構需處理，要到4月下旬才有辦法再提報修正計劃期程。

南鐵地下化一波三折，原定2024年完工，但因遇到住戶抗爭，影響用地取得等因素，鐵道局於2022年將計劃期程延至2026年，但施工4年多以來，因沿線陸續發現19處文資遺構需進行挖掘調查，因此確定工程進度要再展延。

至於工程展延的時間，鐵道局南部工程處表示，由於目前還有部分文資遺構還在處理中，大約要到4月下旬情況才會比較明確，到時文資遺構處理對整體計畫期程，及經費造成的影響將有較明確評估資料，預估今年下半年會依評估結果提報修正計畫。

而對於目前文資處理進度，台南市文化資產管理處表示，沿線共發現19處遺構，其中14處完成移置，尚有5處列冊追蹤待探查、回填或移置，之後施工愈靠近早期發展的舊市區，工程下挖時發現遺構也將會愈多，都是之後工程需面對的考驗。