隨著武漢肺炎疫情逐漸解封，相關的防疫政策也漸漸鬆綁，根據日媒報導，日本政府預計在5月8日，將武漢肺炎調降為流感等級，到時防疫措施有望大幅鬆綁，而身為鄰國的台灣是否跟進也受到討論，對此，莊人祥表示，病例通報定義會先做調整，外來擬改為只通報重症，輕症可不必通報，也不再強制「5＋N」隔離，不過相關實施配套和上路時間點還有待討論。
根據《日經新聞》報導，日本政府將在5月8日，將武漢肺炎調降為流感等級，防疫措施有望大幅鬆綁，對此，指揮中心發言人莊人祥表示，春節後就會針對這個部分，進行規畫和協調，未來擬只需通報重症，輕症不需要通報，隔離的部分，也就不會再需要強制5＋N隔離，相關就醫領藥等給付項目也將一併調整，至於何時實施，還會再確認。
因應疫情而編列的「嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例」授權指揮中心緊急採購疫苗、藥品、口罩、快篩等「戰備物資」，並支應醫療、檢疫、補償等「作戰部隊」人力及物力開銷。
但隨著6月底特殊條例將退場，指揮官王必勝日前指出將規畫兩階段修法，第一階段解決緊急採購疫苗、快篩等防疫物資的當務之急，第二階段處理確診者隔離、檢疫隔離等防疫措施，雖然目前「疫情流感化」是大方向，但不管是指揮中心還是醫療界，都坦言行政上的配套措施，需要審慎討論。
