針對前新竹市長林智堅遭調查官余正煌提違反著作權法自訴，先前始終保持沉默的兩人共同論文指導教授、國安局長陳明通日前突然在立院爆氣大吼「這就是冤案」，稱自己無法接受云云。對此，前立委黃國昌直言，陳明通愛護林智堅、不惜犧牲余正煌，甚至以國安局長的身分在國會殿堂替林辯護，這種人徹底混淆自己的角色，完全不適任。
黃國昌今（17）日接受媒體節目專訪，針對林智堅論文案，他表示前桃園市長鄭文燦此前主持民進黨敗選檢討報告，曾指出「全黨挺林智堅」讓社會觀感不佳，但現在除未見系統性檢討與反省外，反倒是陳明通在質詢時以「陳局長不回答陳教授問題」迴避，在審總預算時卻又突兀地站出來，高喊林智堅案是冤案。
他表示，明明余正煌跟林智堅兩人都是陳明通的學生，但是「陳明通不惜愛護林智堅，犧牲余正煌」，以國安局長身分在立院替林辯護，這種人完全不適任國安局長，並直言：「不管最後是誰抄襲誰，陳明通身為指導教授難辭其咎」。
黃國昌強調，論文事件爆發至今已經好幾個月，已經不是個別學校的事情，「陳明通涉及的不只林智堅和余正煌，其他的論文也有相同狀況，都是由一個公版套模生產出來的論文」。
他表示，教育部長潘文忠自己也都認為學術論文除非涉及專利、營業秘密等前提，否則都應該公開，但教育部遲遲未有動作，質疑「因為牽涉到執政黨的人，所以潘文忠你不敢動？」
